再来学习一下NMR的计算问题

hakuna · 发表于 Post on 2017-6-15 09:34:55

本帖最后由 hakuna 于 2017-6-15 09:36 编辑

帮朋友干点活，算NMR，自己不干这个，就摸索着勉为其难，也是强迫自己学点东西，问题如下：
1.如果用MP2/pcSseg-1加溶剂，这么定义可以吗？
# mp2/gen nmr scrf=(smd,solvent=thf)
然后，把pcSseg-1写在坐标定义之后：
......
H                -2.85412100 -0.35021500 1.60531100
H                -1.93992900 1.14063000 1.29577300
H                -2.92874800 -0.87075800 -0.79285700
H                -3.18625600 0.88347200 -0.78835500

H    0
S 3 1.00
   0.122518D+02          0.233371D-01
   0.186871D+01          0.159150D+00
   0.418208D+00          0.500000D+00
S 1 1.00
   0.106100D+00          1.0000000
P 2 1.00
   0.900000D+01          0.203780D-01
   0.100000D+01          0.500000D+00
****

....
这样格式正确吗？

2.得到参比和目标化合物的Isotropic，直接相减可以吗？有网文http://blog.sciencenet.cn/blog-950202-854013.html说不是shielding直接相减，Isotropic和shielding不是一回事？是我理解错了？

3. 下面这个NMR图怎么拟合出来的？

zsu007 · 发表于 Post on 2017-6-15 19:18:57

楼主搜索Sob大神有关NMR计算的帖子来学习吧！

hakuna · 发表于 Post on 2017-6-15 19:54:38

zsu007 发表于 2017-6-15 19:18
楼主搜索Sob大神有关NMR计算的帖子来学习吧！

sob的nmr帖子都看过了，只是看到网上有不同说法，让我顿了一下
觉得自己的理解应该没有问题
只是第一个图中，改了Reference之后，shielding就没法改了，这个不解？
下图是那个标度法算NMR的网站上的，不知道怎么拟合出来的？

xiesilent · 发表于 Post on 2017-6-15 23:06:37

个人认为是不能拟合成下面那个图的

sobereva · 发表于 Post on 2017-6-16 01:19:08

1 正确

2 可以。不要被网上乱七八糟的文章误导
gview里shielding框输入的就是参照体系相应原子的isotropic

3 把数据从gview里导出后，弄成Multiwfn支持的文本格式，载入后用绘制DOS功能可以展宽。但是gview没法绘制/导出考虑自旋-自旋耦合后的数据。

Reference里随便输一串字符，然后回车，shielding就可以输入了

hakuna · 发表于 Post on 2017-6-16 09:17:20

sobereva 发表于 2017-6-16 01:19
1 正确

2 可以。不要被网上乱七八糟的文章误导

谢谢sob社长的耐心、细致解答，今天又进步了.....

reference后没回车，结果就不让shielding

希望GV下次升级时还是别“回车”了，怪麻烦的

xiaojingling016 · 发表于 Post on 2017-12-20 22:14:45

你好，我想问一下参比和目标化合物的Isotropic是怎样得到的，就是shielding 的值咋计算的。

sobereva · 发表于 Post on 2017-12-20 23:56:37

xiaojingling016 发表于 2017-12-20 22:14
你好，我想问一下参比和目标化合物的Isotropic是怎样得到的，就是shielding 的值咋计算的。

高斯输入文件里用NMR关键词，输出文件里直接就给你每个原子核位置磁屏蔽张量，以及isotropic值

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