GMX构建磷烯的拓扑文件时存在的问题

gkobebryant2010

思路：将BP看作两层P原子，上层为PA,下层为PB,考虑周期性
1.创建磷烯的坐标文件BP.gro

2.在amber03.ff创建n2t文件：
P    PA    0.0    30.9700         3    P 0.2190   P 0.2190  P 0.2280
P    PB    0.0    30.9700         3    P 0.2190   P 0.2190  P 0.2280

3.在amber03.ff的atomtypes.atp中添加：
PA                30.97000
PB                30.97000

4.在amber03.ff的ffnonbonded.itp中添加：
PA          15      30.97    0.0000  A   3.33000e-01  1.67360e+00
PB          15      30.97    0.0000  A   3.33000e-01  1.67360e+00

5.在amber03.ff的ffbonded.itp中添加：
[ bondtypes ]
PA PA         1    0.22000   124264.8
PA PB         1    0.23000   124264.8
PB PB         1    0.22000   124264.8

[ angletypes ]
PA  PA  PA           1   96.60      111.7128
PA  PA  PB           1   101.00     111.7128
PB  PB  PB           1   96.60      111.7128
PB  PB  PA           1   101.00     111.7128

[ dihedraltypes ]
PB  PA  PA  PA     9     283.00    0.267776     0
PA  PA  PB  PB     9     81.200    0.267776     2
PA  PA  PA  PA     9     180.00    0.267776     0
PB  PB  PB  PB     9     180.00    0.267776     0
PB  PB  PB  PA     9     77.500    0.267776     0

6.用如下命令生成BP的拓扑文件
gmx x2top -f BP.gro -o BP.top -ff amber03 -name BP -pbc -kb 400000 -kt 600 -kp 150

7.对照BP.gro结构，没有问题，但top中[ atoms ]的type全是PA，并没有出现PB，手动将偶数的type全部改为PB,命名为BP.itp，并#include到蛋白的top中

8.对蛋白和磷烯的体系创建盒子，添加溶剂水分子，添加氯离子，检查添加完离子后的坐标文件没有问题，能量最小化

问题：能量最小化得到的gro文件中磷烯的构型完全散架了，导致下一步无法进行，不知道是不是在创建拓扑文件时哪里出了问题，希望各位大神帮忙看看

sobereva

n2t文件里写两项其实没意义，因为判断方式都相同，所以只有PA会被匹配，PB白写

你既然想让bond项从[bondtypes]里读对应的参数，就应当把BP.itp里的[bonds]里面的成键项的参数都删掉，否则会直接用这些参数，而不会利用[bondtypes]里的。类似地，angles和dihedrals部分也是如此。

另外，在单独跑磷烯成功之前，建议先别引入其它因素（蛋白），省得不好debug

gkobebryant2010

谢谢老师，问题成功解决