请教一个amber动力学问题

夏夜晚风 · 发表于 Post on 2015-3-8 16:30:54

请教各位高手一个MD的问题：我在amber中跑动力学，ligand总是跑开，远离受体。但是实验证实ligand氧原子和受体Tyr100之间会有氢键。我可以直接加上一个距离限制，强制使这个氢键存在，然后跑MD吗？这样跑出来再进一步分析，会被审稿人质疑吗？这是不是一个非平衡的MD过程？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2015-3-8 16:52:26

先检查配体的原子电荷是否合理，用的原子电荷必须能较好表现配体静电势才行。
如果原子电荷没问题，那就加个限制势。可以解释为由于力场形式过于简单，对氢键描述不够准确，不加限制势的话没法合理表现氢键。

夏夜晚风 · 发表于 Post on 2015-3-8 17:06:05

sobereva 发表于 2015-3-8 16:52
先检查配体的原子电荷是否合理，用的原子电荷必须能较好表现配体静电势才行。
如果原子电荷没问题，那就加 ...

电荷应该没问题，用gs算了之后resp拟合的。sob老师有看到过类似的文献吗？我想找个文献支持，但是没有找到。谢谢。

therotyonth · 发表于 Post on 2015-3-13 10:13:23

个人理解可以加上一个很小的限制条件，我一般在动力学之前是加5.0左右。或在更换水盒子的类型，box或oct。再就是可以跑一个没有水盒子的尝试一下。

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