捐赠本论坛 (Donate this site)
开启辅助访问 切换到宽版

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
在11月21-24日期间，本论坛仅限等级≥level 4的成员发贴，带来的不便请谅解！其他成员若有学术问题请等到能发贴的时候再发帖。此期间不要给管理员sobereva发私信问学术问题
计算化学公社»论坛首页 › 大杂烩 (Miscellaneous) › 编程、软件开发 (Developement) › 分享个宏展开程序
返回列表 Return 发新帖
Views: 4079|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Python] 分享个宏展开程序

[复制链接 Copy URL]
万里云

403

帖子

4

威望

2874

eV
积分
3357

Level 5 (御坂)
跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
发表于 Post on 2016-8-23 17:38:51 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
本帖最后由 万里云 于 2016-9-15 20:43 编辑

=======================================================================================
9月15日更新：
发现自己还是孤陋寡闻了，类Unix系统中有一个非常有名的宏展开程序m4，Brian Kernighan 和 Dennis Ritchie这两位鼻祖级人物写的。看了一些有关这个程序的介绍，觉得功能太过强大，用起来也必须小心翼翼。还是继续用我自己写的simple & stupid程序的吧。


修正一个BUG：之前的程序有一个严重的BUG，比如定义了两个宏KPT和KPT_SCF，然后某段文本中有一处KPT_SCF的引用，展开的时候会先把KPT_SCF中的KPT替换掉，剩下那个_SCF在风中凌乱。新版本的程序用比较笨的方法解决了这个问题：所有使用宏的地方必须加一对尖括号（例如<KPT_SCF>）。这样修改可以明确指定哪一部分要展开哪一部分原样不动，避免了潜在的纰漏（宏展开就是个深坑），也能使用foo = <foo>这样的句子了。


增加一条特性：宏之间可以彼此引用，比如先#define a 123，再#define b <a>456这样的。但是这样做时会输出Warning，提醒用户。
mace.7z (1.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)


=======================================================================================
不知道各位有没有遇到这种情形：算某个体系需要准备一大堆输入文件，这些输入文件共享一部分设置，每个文件又有自己独有的设置；而另一个体系输入文件与这个体系相差不大，几乎就是变量重新赋值。

我最近就遇到了这种情形，手头有项工作需要计算10个类似的体系，每个体系7个输入文件，各文件间共享原子坐标等信息。一开始纯手工操作，不过这活真不是人干的。尽管vim有很强大的剪贴板（寄存器）功能，但是要保持这么多输入文件一致，还是很耗精力的一件事。一不留神就会把上一个体系的内容贴进来，写完之后还得一步步检查。简直是我等强迫症患者的噩梦。写了十几个输入文件之后，突然觉得这简直是浪费生命。经过仔细分析，手工操作有这么几项不合理之处：


  • 通过复制粘贴保持多个文件中共享的部分一致相当困难，很容易忘记修改某个文件；
  • 各文件独有的设置分散在各处，需要一行行去找，费时费力不说，还容易忘记修改某个参数；
  • 换个体系又要重来一遍，太多无意义的重复劳动；


根据“宁花机器一分，不花程序员一秒”的原则，这种事肯定要丢给机器去做。这种俯拾皆是的日常问题，当初搞Unix系统的大牛们肯定也遇到过，肯定已经写好了应对的程序。然而找了一圈，并没有找到。sed好像可以做到，但是学习成本有点高。cpp处理单行的宏还可以，遇到多行的宏就抓瞎了。


只好自己写一个了。好在原理并不复杂，核心算法就是把多行的宏视作含有很多"\n"的单行，宏展开用的是replace函数。




语法规则：

语法和关键字是直接从C/C++语言中的宏定义语句魔改过来的。关键字只有#define和#include两个。


#define有两种用法，第一种是定义只包含一个单词的宏，其格式为#define 宏名 宏内容。这种用法一般适用于"flag = _MACRO"或者"flag _MACRO"这种场合。


第二中用法是定义包含很多行的宏，其格式为#define 宏名，从下一行开始为宏内容，以空白行结束。这种用法一般用于在不同文件中共享大段内容。


如果要共享的内容太多，直接用#define定义非常不方便，这时就需要魔改版的#include出马。#include的用法为#include 宏名 文件名，顾名思义就是把这个文件的内容定义成宏。


例：
下面举个例子。首先准备好宏定义文件defs.h：
  1. #define _PREFIX '7'

  3. #define _DP1
  4.     tefield          = .TRUE.
  5.     dipfield         = .TRUE.

  7. #define _NTYP 2
  8. #define _NAT 11
  9. #define _ECUTWFC 60

  11. #define _DP2
  12.     edir             = 3
  13.     emaxpos          = 0.90
  14.     eopreg           = 0.05
  15.     eamp             = 0.0

  17. #define _NBND 139
  18. #define _NBNDQ 31
  19. #define _NBND_FI 36

  21. #define _POS
  22. ATOMIC_SPECIES
  23.    A  1.00   A.pbe-mt_fhi.UPF
  24.    B  2.00   B.pbe-mt_fhi.UPF
  25. CELL_PARAMETERS {alat}
  26.    4.189217464   0.000000000   0.000000000
  27.    0.000000000   6.366494695   0.000000000
  28.    0.000000000   0.000000000  20.000000000
  29. ATOMIC_POSITIONS {crystal}
  30.    B   0.406112372   0.169055518   0.590080889
  31.    B   0.415434560   0.420296557   0.460720554
  32.    B   0.795080133   0.657181106   0.438815945
  33.    B   0.791784062   0.926322272   0.563877606
  34.    A   0.702046531   0.847801065   0.489021700
  35.    A   0.828305019   0.764721124   0.615770853
  36.    A   0.106950716   0.567103165   0.477558897
  37.    A   0.371472351   0.251891403   0.412202884
  38.    A   0.506322370   0.356770124   0.537003974
  39.    A   0.113144641   0.058345927   0.546460360
  40.    A   0.822827246   0.710861738   0.368446338

  42. #include _KPT ../share/wfn.out
  43. #include _KPTQ ../share/wfnq.out
  44. #include _KPT_FI ../share/wfn_fi.out

  46. // p2b.in
  47. #define _NK1 8
  48. #define _NK2 6
  49. #define _NK3 1
  50. #define _DK1 0
  51. #define _DK2 0
  52. #define _DK3 0
  53. #define _XC_MIN 1
  54. #define _XC_MAX 96

  56. // p2bq.in
  57. #define _DK1Q 0.008
  58. #define _DK2Q 0
  59. #define _DK3Q 0

  61. // p2b_fi.in
  62. #define _NK1_FI 16
  63. #define _NK2_FI 12
  64. #define _NK3_FI 1
复制代码


上面这个文件就是宏定义文件。里面有PREFIX这样的只有一个单词的宏，也有像_POS这样多行的，也有像_KPT这样由文件定义的。


在输入文件模板bands.h中的适当部分引用这些宏：
  1. #
  2. # Input Template for Calculation 'bands'
  3. #
  4. # Version: 1.0.0
  5. #
  6. # Notes:
  7. #
  8. # (1) This file applies for periodic systems only.
  9. #
  10. # (2) The built-in Bravis lattice types are rather unconvenient.
  11. #     So we set ibrav to 0, celldm(1) to 1.8897, and specify the
  12. #     coordinates of lattice vectors in ANGSTROMS under card
  13. #     'CELL_PARAMETERS {alat}'.
  14. #
  15. # (3) 'cg' style diagonalization is more stable than 'david'
  16. #     when nbnd is large. It is the default setting for generating
  17. #     wave functions for BGW.
  18. #
  19. &CONTROL
  20.     prefix           = _PREFIX
  21.     calculation      = 'bands'
  22.     restart_mode     = 'from_scratch'
  23.     pseudo_dir       = './'
  24.     outdir           = './'
  25.     wfcdir           = './'
  26.     verbosity        = 'high'
  27.     wf_collect       = .TRUE.
  28. _DP1
  29. /
  30. &SYSTEM
  31.     ibrav            = 0
  32.     celldm(1)        = 1.889726125
  33.     ntyp             = _NTYP
  34.     nat              = _NAT
  35.     ecutwfc          = _ECUTWFC
  36.     nbnd             = _NBND
  37. _DP2
  38. /
  39. &ELECTRONS
  40.     electron_maxstep = 250
  41.     conv_thr         = 1.0d-10
  42.     mixing_mode      = 'plain'
  43.     mixing_beta      = 0.7
  44.     mixing_ndim      = 8
  45.     diagonalization  = 'cg'
  46.     diago_full_acc   = .TRUE.
  47.     startingwfc      = 'random'
  48. /
  49. _POS
  50. _KPT
复制代码



再运行程序 ./mace.py def.h bands.h bands.in，就生成了输入文件bands.in，其中的宏已经被全部展开：
  1. #
  2. # Input Template for Calculation 'bands'
  3. #
  4. # Version: 1.0.0
  5. #
  6. # Notes:
  7. #
  8. # (1) This file applies for periodic systems only.
  9. #
  10. # (2) The built-in Bravis lattice types are rather unconvenient.
  11. #     So we set ibrav to 0, celldm(1) to 1.8897, and specify the
  12. #     coordinates of lattice vectors in ANGSTROMS under card
  13. #     'CELL_PARAMETERS {alat}'.
  14. #
  15. # (3) 'cg' style diagonalization is more stable than 'david'
  16. #     when nbnd is large. It is the default setting for generating
  17. #     wave functions for BGW.
  18. #
  19. &CONTROL
  20.     prefix           = '7'
  21.     calculation      = 'bands'
  22.     restart_mode     = 'from_scratch'
  23.     pseudo_dir       = './'
  24.     outdir           = './'
  25.     wfcdir           = './'
  26.     verbosity        = 'high'
  27.     wf_collect       = .TRUE.
  28.     tefield          = .TRUE.
  29.     dipfield         = .TRUE.

  31. /
  32. &SYSTEM
  33.     ibrav            = 0
  34.     celldm(1)        = 1.889726125
  35.     ntyp             = 2
  36.     nat              = 11
  37.     ecutwfc          = 60
  38.     nbnd             = 139
  39.     edir             = 3
  40.     emaxpos          = 0.90
  41.     eopreg           = 0.05
  42.     eamp             = 0.0

  44. /
  45. &ELECTRONS
  46.     electron_maxstep = 250
  47.     conv_thr         = 1.0d-10
  48.     mixing_mode      = 'plain'
  49.     mixing_beta      = 0.7
  50.     mixing_ndim      = 8
  51.     diagonalization  = 'cg'
  52.     diago_full_acc   = .TRUE.
  53.     startingwfc      = 'random'
  54. /
  55. ATOMIC_SPECIES
  56.    A  1.00   A.pbe-mt_fhi.UPF
  57.    B  2.00   B.pbe-mt_fhi.UPF
  58. CELL_PARAMETERS {alat}
  59.    4.189217464   0.000000000   0.000000000
  60.    0.000000000   6.366494695   0.000000000
  61.    0.000000000   0.000000000  20.000000000
  62. ATOMIC_POSITIONS {crystal}
  63.    B   0.406112372   0.169055518   0.590080889
  64.    B   0.415434560   0.420296557   0.460720554
  65.    B   0.795080133   0.657181106   0.438815945
  66.    B   0.791784062   0.926322272   0.563877606
  67.    A   0.702046531   0.847801065   0.489021700
  68.    A   0.828305019   0.764721124   0.615770853
  69.    A   0.106950716   0.567103165   0.477558897
  70.    A   0.371472351   0.251891403   0.412202884
  71.    A   0.506322370   0.356770124   0.537003974
  72.    A   0.113144641   0.058345927   0.546460360
  73.    A   0.822827246   0.710861738   0.368446338

  75. K_POINTS crystal
  76.    48
  77.   0.000000000  0.000000000  0.000000000   1.0
  78.   0.000000000  0.166666667  0.000000000   1.0
  79.   0.000000000  0.333333333  0.000000000   1.0
  80.   0.000000000  0.500000000  0.000000000   1.0
  81.   0.000000000  0.666666667  0.000000000   1.0
  82.   0.000000000  0.833333333  0.000000000   1.0
  83.   0.125000000  0.000000000  0.000000000   1.0
  84.   0.125000000  0.166666667  0.000000000   1.0
  85.   0.125000000  0.333333333  0.000000000   1.0
  86.   0.125000000  0.500000000  0.000000000   1.0
  87.   0.125000000  0.666666667  0.000000000   1.0
  88.   0.125000000  0.833333333  0.000000000   1.0
  89.   0.250000000  0.000000000  0.000000000   1.0
  90.   0.250000000  0.166666667  0.000000000   1.0
  91.   0.250000000  0.333333333  0.000000000   1.0
  92.   0.250000000  0.500000000  0.000000000   1.0
  93.   0.250000000  0.666666667  0.000000000   1.0
  94.   0.250000000  0.833333333  0.000000000   1.0
  95.   0.375000000  0.000000000  0.000000000   1.0
  96.   0.375000000  0.166666667  0.000000000   1.0
  97.   0.375000000  0.333333333  0.000000000   1.0
  98.   0.375000000  0.500000000  0.000000000   1.0
  99.   0.375000000  0.666666667  0.000000000   1.0
  100.   0.375000000  0.833333333  0.000000000   1.0
  101.   0.500000000  0.000000000  0.000000000   1.0
  102.   0.500000000  0.166666667  0.000000000   1.0
  103.   0.500000000  0.333333333  0.000000000   1.0
  104.   0.500000000  0.500000000  0.000000000   1.0
  105.   0.500000000  0.666666667  0.000000000   1.0
  106.   0.500000000  0.833333333  0.000000000   1.0
  107.   0.625000000  0.000000000  0.000000000   1.0
  108.   0.625000000  0.166666667  0.000000000   1.0
  109.   0.625000000  0.333333333  0.000000000   1.0
  110.   0.625000000  0.500000000  0.000000000   1.0
  111.   0.625000000  0.666666667  0.000000000   1.0
  112.   0.625000000  0.833333333  0.000000000   1.0
  113.   0.750000000  0.000000000  0.000000000   1.0
  114.   0.750000000  0.166666667  0.000000000   1.0
  115.   0.750000000  0.333333333  0.000000000   1.0
  116.   0.750000000  0.500000000  0.000000000   1.0
  117.   0.750000000  0.666666667  0.000000000   1.0
  118.   0.750000000  0.833333333  0.000000000   1.0
  119.   0.875000000  0.000000000  0.000000000   1.0
  120.   0.875000000  0.166666667  0.000000000   1.0
  121.   0.875000000  0.333333333  0.000000000   1.0
  122.   0.875000000  0.500000000  0.000000000   1.0
  123.   0.875000000  0.666666667  0.000000000   1.0
  124.   0.875000000  0.833333333  0.000000000   1.0

复制代码


以后只需要准备好宏定义文件和输入文件模板，用程序把宏展开就能得到对应的输入文件。原来耗时二十多分钟的任务现在只要不到五分钟。换个体系，需要修改的也只有宏定义文件。更重要的是散布在各文件中的参数现在集中在一个文件中，再也不用担心眼花了。


程序肯定不完善。比如包含多行内容的宏必须以空白行结束定义，这会在生成的文件中引入多余的空行。好在空行多数情况下无关紧要。

评分 Rate

参与人数
Participants 5		威望 +1 eV +16 收起 理由
Reason
cgchen + 5 牛！
greatzdk + 1 思维很重要
ruanyang + 5 牛！
卡开发发 + 5 牛！
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

回复 Reply

举报 Report

返回列表 Return 发新帖

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 03:51 , Processed in 0.205188 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list