求高手指路，关于方法和基组选择

huanyizhen · 发表于 Post on 2015-4-1 16:16:22

本帖最后由 huanyizhen 于 2015-4-1 17:05 编辑

我的体系是两条平行的六肽结构（如图），约200个原子，已经用gaussian优化了它的结构。现在我想用gamess对两条六肽间的非键相互作用进行能量分解，但因为缺少理论方面的知识，所以有以下几个疑问：1、对这样的体系，选择哪种分解方法好一些？（例如GKS-EDA之类的） 2、对于这样的体系，所用的方法和基组有什么推荐？ 3、对这样大小的体系，能量分解分析是否常用？有没有类似体系的研究文献？希望路过的高手不吝赐教，赐教越多越好，谢谢（ps：觉得这些问题需要一个比较长的积累才能知道选择哪个最合适，我在不断学习中，还希望高手给指个方向）

sobereva · 发表于 Post on 2015-4-1 21:04:02

这么大体系GAMESS-US做能量分解极困难，这程序本来效率就低。如果有ADF可以试试ADF来做能量分解，效率比它高很多
Multiwfn+Gaussian也能做比较简单的能量分解，对这个体系肯定能算得动，和单点耗时相同，见手册3.100.8节和4.100.8节的理论介绍，不过静电和交换互斥没法分离开。
最简单的就是用分子力场来算，分理出静电和色散的贡献，这往往也够了。

huanyizhen · 发表于 Post on 2015-4-2 09:57:35

sobereva 发表于 2015-4-1 21:04
这么大体系GAMESS-US做能量分解极困难，这程序本来效率就低。如果有ADF可以试试ADF来做能量分解，效率比它 ...

谢谢sob老师的回复，我想问：您说用gamess做能量分解困难，是因为计算量太大还是其他原因？若只是计算量太大的话，我想做一个试试看能不能做动，这就又要问到之前的问题 1、就物理意义而言，选择哪种分解方法好一些；2、就节约时间而言，方法和基组有什么推荐。

还有就是用multiwfn做分解的话，有没有能量分解分析做的比较好文章？我学习学习

sobereva · 发表于 Post on 2015-4-2 10:34:48

想试的话你可以先用个6-31G*来做做试试，能算得动就做。GAMESS-US的能量分解物理意义没问题，但注意LMOEDA和DFT-D3校正结合的话，应当合理地进行解释。见此贴10L的讨论：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=682

方法就是BLYP-D3这样就可以。

Multiwfn+Gaussian做能量分解的文章有几篇，但我具体想不起来是哪几篇了，可以从这个文献合集里找找 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=411。

huanyizhen · 发表于 Post on 2015-4-2 10:57:45

sobereva 发表于 2015-4-2 10:34
想试的话你可以先用个6-31G*来做做试试，能算得动就做。GAMESS-US的能量分解物理意义没问题，但注意LMOEDA ...

谢谢sob老师

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