求助：关于计算前创建索引文件的问题

LiJiatong · 发表于 Post on 2022-7-13 10:42:32

想要选取GL1和GL2两个珠子的质心来代替整个磷脂分子进行计算，在创建索引文件有一些困惑。以下是我创建索引文件的命令
gmx_mpi make_ndx -f md.gro -o R_L_GL.ndx
  >a GL1 | a GL2（选取磷脂双分子层的所有GL1、GL2珠子）
  >2 & 6（选取单层磷脂分子的所有GL1、GL2珠子）
  >name 7 L_GL（给选中的组命名）
  >q

问题1：我想通过GL1、GL2两个珠子来代替磷脂分子，但是创建索引组时选取的是单层的所有GL1、GL2珠子，在选取两个珠子的质心时会不会出现选取了分属不同磷脂分子的GL1、GL2的质心的情况？
问题2：创建索引组的时候，该如何保证一个磷脂分子和属于其的两个珠子对应？
可以麻烦熟悉的老师解答下吗？感谢！！！

注：附图为单个粗粒化DOPC磷脂分子的构型

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-13 19:34:01

可以用残基编号
2 & 6 & r 1

LiJiatong · 发表于 Post on 2022-7-14 23:13:07

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-13 19:34
可以用残基编号
2 & 6 & r 1

谢谢老师

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