氰基在酶作用下水解成亚胺的机理推测求助

zep · 发表于 Post on 2024-12-4 01:29:12

本帖最后由 zep 于 2024-12-4 01:32 编辑

对于氰基在半胱氨酸硫的亲核进攻氰基碳原子，形成亚胺结构的机理求助，我绘制了两张可能机理，其中第第种的ts1已经确定，ts2未找到直接优化到产物int2结构，第一种也不确定有没有错误，第二种未曾尝试不知道有没有常识错误，请各位老师指点感谢。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-12-4 03:19:30

如果确定氰基不会和蛋白直接形成氢键，那么机理1问题不大
机理2的问题在于Glu几乎没起到催化作用，反倒可能会抑制反应，让氮不容易夺质子。如果这个氰基化合物是天然底物的话，很难解释为什么酶进化出了那个Glu

zep · 发表于 Post on 2024-12-4 11:33:34

wzkchem5 发表于 2024-12-4 03:19
如果确定氰基不会和蛋白直接形成氢键，那么机理1问题不大
机理2的问题在于Glu几乎没起到催化作用，反倒可 ...

多谢老师，机理2是天然底物，机理1您说的形成氢键的意思是，是氰基氮和氨基酸形成氢键，氰基氮原子更容易夺取与之形成氢键的氢吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-12-4 17:02:57

zep 发表于 2024-12-4 04:33
多谢老师，机理2是天然底物，机理1您说的形成氢键的意思是，是氰基氮和氨基酸形成氢键，氰基氮原子更容易 ...

对，这样的话氮在硫负离子正在形成的时候就能形成氢键，有助于降低能垒

zep · 发表于 Post on 2024-12-4 18:57:51

wzkchem5 发表于 2024-12-4 17:02
对，这样的话氮在硫负离子正在形成的时候就能形成氢键，有助于降低能垒

好的多谢老师解答

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[综合交流] 氰基在酶作用下水解成亚胺的机理推测求助

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