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[新手求助] 提问关于研究聚合物与客体分子间的弱相互作用时的结构构建是否合理

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      拟计划研究PET纤维与染料分子间的弱相互作用,由于聚合物的体系较大,若在构建过程中只构建单个或两个重复单元来代替聚合物,将结构优化后的单个重复单元和单个染料分子按照初猜摆放好作为研究体系,研究出来的是否合理,是否需要考虑构建过程中PET结构要比染料分子的大?
下图的顺序分别为染料分子,PET结构式,PET的单个重复单元。



染.png (128.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

染

PET结构式.jpg (17.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

PET结构式

PET结构式

PET单个重复单元.png (90.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

PET单个重复单元

PET单个重复单元

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发表于 Post on 2024-9-29 00:07:58 | 只看该作者 Only view this author
PET的结构显然要比染料分子的大得多,要不然边界效应太强
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-29 17:18:06 | 只看该作者 Only view this author
感谢老师的答复,我想针对这个研究,继续请教一下您:那这类研究中,我在Gview中将该重复单元平移复制成长链,大概四到五个单元(或适当再增加),边界用氢饱和,是否合理(这样的计算耗时已经很长了)。还是更应该去考虑使用“使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用”这个方法(http://sobereva.com/540)去研究我这个体系。

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