计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 13814|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] xshell断开与服务器的连接后,计算停止

[复制链接 Copy URL]

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
用xshell输入命令,用winscp看里面的文件。关掉xshell直接导致计算停止,winscp里面的那个.out文件大小不再变化,打开看里面最下行也不再变化。
求问大神这是为啥?如何处理?

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-4-11 16:05:27 | 只看该作者 Only view this author
补充一下,我是用一个批处理文件提交的任务,不是利用命令行提交的,下面是批处理文件内容:
#!/bin/bash
for inf in *.gjf
do
outf=`echo ${inf}|tr "gjf" "out"`
/db/home/haha/g09/g09 < ${inf} > ${outf}
done
我在网上查看到说的是加上g09 test.com&,有的说加上nohup g09 *.com &
我不知道这是什么意思,也不知道怎么加进去,麻烦高手帮忙。
(由于我想每次提交任务提交多个,所以才用批处理;再说我不懂linux系统,命令行提交我也不会。所以,做了一个批处理文件,每次都用这个,方便一些。这种方法在我自己的电脑上屡试不爽,但是用在服务器上总是遇到各种问题,呵呵。

117

帖子

0

威望

1126

eV
积分
1243

Level 4 (黑子)

3#
发表于 Post on 2015-4-11 16:57:33 | 只看该作者 Only view this author
我是这样的使用的,建一个**.in文件,里面输入需要计算的文件,g09 01.gjf 01.out 然后回车输入下一个回车下一个,注意空格,
然后传到服务器上,然后输入setsid sh **.in &  就OK了!

方法比较笨一点,但是没有出过错,呵呵

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-4-11 17:30:17 | 只看该作者 Only view this author
diaolanxinyu 发表于 2015-4-11 16:57
我是这样的使用的,建一个**.in文件,里面输入需要计算的文件,g09 01.gjf 01.out 然后回车输入下一个回车 ...

谢谢你的帮忙
请问这种方法可用在批处理文件上吗?我的文件比较多,一个一个输入如果输错了就运行不了了。

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-4-11 17:39:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2015-4-11 17:40 编辑
diaolanxinyu 发表于 2015-4-11 16:57
我是这样的使用的,建一个**.in文件,里面输入需要计算的文件,g09 01.gjf 01.out 然后回车输入下一个回车 ...

我试了一下,你这个方法的确好用。但是我需要输入/db/home/haha/g09/g09,而不是直接输入g09,也就是需要把g09的所在位置写上,请问这是为啥?

3621

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18426

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

6#
发表于 Post on 2015-4-11 18:53:10 | 只看该作者 Only view this author
要么试试nohup g09 xxx.gjf &
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

117

帖子

0

威望

1126

eV
积分
1243

Level 4 (黑子)

7#
发表于 Post on 2015-4-11 22:05:48 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2015-4-11 17:39
我试了一下,你这个方法的确好用。但是我需要输入/db/home/haha/g09/g09,而不是直接输入g09,也就是需要 ...

1.是不是你的用户权限没有设置好,例如4. chown -R root:users  /opt/gaussian/g09d01/g09/
  是修改g09目录及里面内容的所有用户权限为root:users
2.改用户权限,你可以用vi /etc/passwd命令该
例如cf:x:503:100::/home/cf:/bin/bash
注意:503是编号,改成100就好了

你试试吧,我也不确定

117

帖子

0

威望

1126

eV
积分
1243

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2015-4-11 22:07:00 | 只看该作者 Only view this author
diaolanxinyu 发表于 2015-4-11 22:05
1.是不是你的用户权限没有设置好,例如4. chown -R root:users  /opt/gaussian/g09d01/g09/
  是修改g09 ...

只把503后面的数字改成100就好了

117

帖子

0

威望

1126

eV
积分
1243

Level 4 (黑子)

9#
发表于 Post on 2015-4-11 22:10:26 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2015-4-11 17:30
谢谢你的帮忙
请问这种方法可用在批处理文件上吗?我的文件比较多,一个一个输入如果输错了就运行不了了 ...


我计算的不是很多,所以都是一个个输入的,要不你还是试试用脚本吧
不知道你看了sobereva老师的这个帖子没?
http://sobereva.com/258

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-4-11 22:52:07 | 只看该作者 Only view this author
diaolanxinyu 发表于 2015-4-11 22:10
我计算的不是很多,所以都是一个个输入的,要不你还是试试用脚本吧
不知道你看了sobereva老师的这个帖子 ...

非常感谢
我一般是把若干个.gjf算上然后就上班,呵呵。我的工作不是理论计算,只是兴趣而已,所以上班做不了只能回家做,但目前依然是个小菜鸟。有些科研想法想通过计算来实现,所以才学高斯。
谢谢指教,你可以在小木虫上加我 lastzealot。

294

帖子

1

威望

2557

eV
积分
2871

科音成员

11#
发表于 Post on 2015-4-12 14:43:44 | 只看该作者 Only view this author
比如你的脚本是 run.sh
那就写: nohup run.sh & 即可。
上面要求脚本run.sh在PATH路径里面,如果是当前目录下的脚本,可以 nohup ./run.sh & 。
华北电力大学数理学院,理论与计算化学,团簇、表面的结构与反应机理。(招第一性原理计算,量子化学计算方向的教师、硕士/博士研究生)

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 16:56 , Processed in 0.176174 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list