MD完成后如何统计分析分子的取向

飒飒萨达 · 发表于 Post on 2021-9-2 10:11:25

大家好，小白想问几个关于gromacs的问题，刚刚接触问题描述不清楚请见谅。文献中写的是“the angle between the TDM of emitter molecule and the normal direction of the substrate surface" 具体的做出来的图在下边。想知道这个角度到底是什么没太搞清楚意义，还有就是这个图怎么做出来的呢？

谢谢大家

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2021-9-2 10:42:17

本帖最后由让你变成回忆于 2021-9-2 10:44 编辑

基于MD模拟的结果，然后提取出里面的发光分子，然后用TDDFT计算，然后提取出S1态TDM矢量，然后再计算这个矢量与基底法向的夹角，最后统计这个夹角的分布。
如上，这角度表示TDM与基底法向的夹角，这个值越大，就说明TDM越水平（平行于基底），这样光就可以更多的发射出来（发射方向垂直于TDM），所以器件的out-coupling也就越大。

飒飒萨达 · 发表于 Post on 2021-9-2 11:15:55

让你变成回忆发表于 2021-9-2 10:42
基于MD模拟的结果，然后提取出里面的发光分子，然后用TDDFT计算，然后提取出S1态TDM矢量，然后再计算这个矢 ...

非常感谢回复，关于TDM的夹角含义理解了，然后还想问一下具体操作计算这个夹角的问题，目前我已经模拟了MD，然后比如发光分子是PXZPM这个分子，我用TDDFT计算，请问这个S1态的TDM矢量是计算完log文件就有吗，还是需要借助Multiwfn呢，然后计算这个矢量和基底法向的夹角请问这一步可以在详细问一下具体怎么做的吗？另外很感谢您的回复，对我帮助已经很大了，不好意思又耽误您时间了

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2021-9-2 14:13:08

飒飒萨达发表于 2021-9-2 11:15
非常感谢回复，关于TDM的夹角含义理解了，然后还想问一下具体操作计算这个夹角的问题，目前我已经模拟了M ...

（1）log文件就有。
（2）两个向量的夹角计算。

飒飒萨达 · 发表于 Post on 2021-9-2 14:30:33

让你变成回忆发表于 2021-9-2 14:13
（1）log文件就有。
（2）两个向量的夹角计算。

好的感谢回复明白拉

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