g_mmpbsa脚本计算结合能感觉数值太大求助

yogurt · 发表于 Post on 2020-5-26 23:48:16

本帖最后由 yogurt 于 2020-5-27 17:04 编辑

我用g_mmpbsa计算了复合物体系中两个肽链的结合能，复合物体系大约800个氨基酸吧，两条链，A链600，B链200。结合能感觉太大了，图片是summary_energy.dat文件，请问这是正常的么，虽然KJ和kcal之间相差四倍多，但是换算成kcal，这个数也不算小，我没计算熵变，请问是哪里做错了么。并且结合能分解后，有些氨基酸的MM部分贡献也特别大，请问这是怎么回事？

芮啦 · 发表于 Post on 2021-6-4 10:46:33

您好，我现在也刚开始学习使用g_mmpbsa来计算结合能，有一点问题希望向您请教一下，请问您的mdp参数文件是采用官网上的参数还是依照自己的体系设定的呢，我的体系中不止有一种阳离子，所以在设定mdp文件中的pcharge、prad等参数时不知道怎么处理，希望向您请教一下，还请您指点一二

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