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[Gaussian/gview] 计算后.fchk文件显示的结构与.gjf文件和.log文件显示的结构不一致

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本帖最后由 whtu 于 2018-4-6 15:43 编辑

在隐式溶剂模型下优化两个结构,优化完成后.chk文件(.fchk)文件显示的结构与.log文件以及.gjf文件显示的结构不一样,请问一下这是什么原因?

谢谢。

.gjf文件的结构对应于gjf.png,.fchk文件显示的结构对应于fchk.png,.log文件显示的结构对应于log.png

log.png (124.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

log文件显示的结构对

log文件显示的结构对

fchk.png (110.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

.fchk文件显示的结构

.fchk文件显示的结构

gjf.png (127.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 141)

.gjf文件的结构

.gjf文件的结构

BIm_CH.gjf

1.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

BIm_C.gjf

1.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 2018-4-6 15:52:00 | 只看该作者 Only view this author
fchk.png作图少了个质子?
其它的看结构没什么差异,如果你是指对键的判断问题,载入输出文件时候gv会重新判断成键,而打开fchk的话会沿用最初状态时的成键关系。
chk文件以及转化出的fchk文件,载入gv的时候结构肯定对应输出文件最后一帧。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-6 16:01:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 whtu 于 2018-4-6 16:07 编辑
sobereva 发表于 2018-4-6 15:52
fchk.png作图少了个质子?
其它的看结构没什么差异,如果你是指对键的判断问题,载入输出文件时候gv会重新 ...

对的,少了个质子H,对于BIm_CH,它的gjf、log、fchk文件显示的结构原子数目应该保持一致的?但是BIm_CH.fchk文件显示的结构比对应的.gjf文件和.log文件显示的结构少一个H

gjf-fchk-log.png (109.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

gjf-fchk-log.png

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发表于 Post on 2018-4-6 17:39:15 | 只看该作者 Only view this author
whtu 发表于 2018-4-6 16:01
对的,少了个质子H,对于BIm_CH,它的gjf、log、fchk文件显示的结构原子数目应该保持一致的?但是BIm_CH. ...

应当是保持一致的,gjf里有多少原子,log、fchk里也应当有多少个
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-6 17:58:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-6 17:39
应当是保持一致的,gjf里有多少原子,log、fchk里也应当有多少个

但是现在不知道啥原因造成fchk文件中少了一个H原子,不知道sob老师是否知道原因?

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发表于 Post on 2018-4-6 18:01:05 | 只看该作者 Only view this author
whtu 发表于 2018-4-6 17:58
但是现在不知道啥原因造成fchk文件中少了一个H原子,不知道sob老师是否知道原因?


这事情远程不好说清楚
可以用Multiwfn打开fch,看是否也少一个原子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-6 20:05:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-6 18:01
这事情远程不好说清楚
可以用Multiwfn打开fch,看是否也少一个原子

用Multiwfn打开fchk文件,也是少一个H原子

fchk-Multiwfn_show.png (92.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 45)

用Multiwfn打开BIm_CH.fchk显示

用Multiwfn打开BIm_CH.fchk显示

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发表于 Post on 2018-4-6 20:17:34 | 只看该作者 Only view this author
那真是见鬼了。重新跑一次?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-7 07:39:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-6 20:17
那真是见鬼了。重新跑一次?

谢谢sob老师,新建一个文件夹重新跑确实没问题,但是还是不知道问题在哪。我这个是要算pKa,原来同一个文件夹就是有两个结构,一个结构是带H的,一个结构是不带H的,在原来的文件夹重新跑是不行的,感觉是Gaussian写文件写叉了。

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发表于 Post on 2018-4-7 09:40:25 | 只看该作者 Only view this author
我感觉我也有可能遇到过Gaussian(或者csh脚本)把文件写串的情况,我有一次做TDDFT计算,在同一个目录下几百个文件同时提交,结果其中出现了有一个输出文件文件名是A.log,但是其内容却是同一目录下另一个输入文件B.com的。 A.com却没有输出。我不知道是我糊涂了还是程序确实出问题了

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发表于 Post on 2018-4-7 10:57:40 | 只看该作者 Only view this author
很简单,%chk写岔撇了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-7 13:27:05 | 只看该作者 Only view this author
youyno 发表于 2018-4-7 10:57
很简单,%chk写岔撇了

我开始也是这样认为,但是我对比了两个gjf文件,%chk这部分不一样,事实上就是有两个chk文件输出

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