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[Multiwfn使用咨询] 关于AdNDP

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最近在使用Multiwfn的AdNDP模块,我想针对AdNDP请教两个问题:
1.我们得出的AdNDP的轨道,可不可以给出相应的轨道能量,我知道这个能量意义不是很大,但是想考查一下具体其随键长变化时如何变化的。
2.我们得出的轨道组成都没有正交化,能不能将每个得出的轨道进行Lowdin正交化呢?或者我们有什么方法自己把它正交化吗?

希望得到大家的帮助!!

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发表于 Post on 2014-11-3 17:24:05 | 只看该作者 Only view this author
1 AdNDP是没法得到轨道能量的
2 原理上也能正交化,不过不好去弄,至少Multiwfn没有考虑实现这一点。Lowdin正交化不行,因为对所有轨道一视同仁,高占据数的AdNDP的形状就被破坏了。比较好的是考虑用NBO用的OWSO(占据数权重的正交化)的思路,尽量让高占据数的AdNDP轨道(搜索过程中被挑出来的)变形较小,而剩下的那堆占据数极低的虚轨道(搜索过程中它们都是被忽视的,没有被挑出来)可以随意变形。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-3 18:20:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-11-3 17:24
1 AdNDP是没法得到轨道能量的
2 原理上也能正交化,不过不好去弄,至少Multiwfn没有考虑实现这一点。Lowdi ...

谢谢老师的回答。我想再问一下,AdNDP没有办法得到轨道能量是因为它只是基于密度矩阵对角化,而不是对波函数进行处理么?
还有,根据您说的OWSO的思路,我们可以根据AdNDP的结果自己得到正交化的组分么?这个很复杂么,我对数学问题不是特别内行,希望老师仔细说说。

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发表于 Post on 2014-11-3 18:40:43 | 只看该作者 Only view this author
这只是一方面。实际上NBO程序也能给出NAO、NBO的能量,但需要把fock矩阵变换变换到相应的基下,比较麻烦,感觉意义也不大,也就没在Multiwfn里实现。

原理上应该可以自己实现正交化,程序搞起来可能有些复杂,建议你先把NBO的原文中OWSO的算法搞清楚,对数学要求倒不算很高。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-3 19:25:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-11-3 18:40
这只是一方面。实际上NBO程序也能给出NAO、NBO的能量,但需要把fock矩阵变换变换到相应的基下,比较麻烦, ...

好的,谢谢老师了。我自己再琢磨琢磨

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-4 13:10:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-11-3 18:40
这只是一方面。实际上NBO程序也能给出NAO、NBO的能量,但需要把fock矩阵变换变换到相应的基下,比较麻烦, ...

老师我还想问一下,如果不计算正交化,只是想把每个相同中心数的AdNDP轨道之间的overlap计算出来,有什么简单的办法可以实现么?

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发表于 Post on 2014-11-4 17:49:05 | 只看该作者 Only view this author
这个是很好办的,找出AdNDP后导出.molden文件,里面就记录了每个AdNDP轨道。然后把此文件载入Multiwfn,然后选主功能100里的11 Calculate overlap between two orbitals in whole space就可以计算两个轨道的模的重叠积分,见手册3.100.11节的式子。如果是计算重叠积分(不取模),也可以实现,用主功能5先令Multiwfn计算并导出某个轨道波函数的cube文件,然后再产生另一个轨道波函数的格点数据,之后进入主功能13的选项11,选求乘积操作,让那个cube文件与当前的格点数据相乘,看输出的全空间积分值即可。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-5 21:27:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-11-4 17:49
这个是很好办的,找出AdNDP后导出.molden文件,里面就记录了每个AdNDP轨道。然后把此文件载入Multiwfn,然 ...

感谢老师!我试试看!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-8 09:09:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-11-4 17:49
这个是很好办的,找出AdNDP后导出.molden文件,里面就记录了每个AdNDP轨道。然后把此文件载入Multiwfn,然 ...

老师您能给我说一下第二种只计算AdNDP轨道重叠积分(不取模)的具体操作吗?
我现在用主功能14找完AdNDP轨道之后,用9  Export some AdNDP orbitals to Gaussian-type cube files选项导出了所有的cube文件,之后再用Multiwfn载入其中一个cube文件,进入主功能13选11,再选6 multiplied by a grid file,载入了另一个cube文件之后屏幕中只是显示Done, grid data has been updated! 继续算全空间积分接下来该怎么操作呢?我在手册中没有看到例子,不知道下一步该怎么进行了,谢谢老师耐心解答!

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发表于 Post on 2014-11-8 19:52:49 | 只看该作者 Only view this author
snow_wl 发表于 2014-11-8 09:09
老师您能给我说一下第二种只计算AdNDP轨道重叠积分(不取模)的具体操作吗?
我现在用主功能14找完AdND ...


格点数据updated后,选17再输入1,就得到了格点数据在全空间中的统计值,包括积分值。
由于Multiwfn功能太多,用法十分灵活,所以没办法在第四章的例子中把所有功能和用法都体现出来,所以应注意看各种选项的字面意思,然后尝试或者查阅手册第三章相应章节的介绍。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-8 20:09:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-11-8 19:52
格点数据updated后,选17再输入1,就得到了格点数据在全空间中的统计值,包括积分值。
由于Multiwfn功 ...

已懂!谢谢sob老师!:)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-9 10:55:02 | 只看该作者 Only view this author
还有一个关于overlap的问题。Multiwfn可以得到AdNDP轨道的overlap matrix吗?

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发表于 Post on 2014-11-9 20:13:10 | 只看该作者 Only view this author
重叠矩阵的(i,j)矩阵元就是i,j间的重叠积分,每个轨道间的重叠积分都算出来自然就有重叠矩阵了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-12 18:01:40 | 只看该作者 Only view this author
Multiwfn可以对每一个找出来的AdNDP轨道做键级分析吗?我的体系中有2种类型的3中心轨道,想分别分析它们的强度有什么方法吗?

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发表于 Post on 2014-11-13 00:54:04 | 只看该作者 Only view this author
可以算多中心键级,见
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138

键级分析是对两个或多个原子而言的,你说的对AdNDP轨道做键级分析,这句话有问题。
如果是说做键级分析的时候只考虑某些AdNDP轨道的密度,这倒是可以。做完AdNDP后先导出.molden文件,关闭Multiwfn并载入之,在主功能6的选项26里把你不感兴趣的AdNDP轨道的占据数都设成0以去掉它们的影响,然后照常用主功能9里的相应选项做键级分析即可。
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