关于用trjconv输出gro文件的问题

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-5-7 17:00:18

请问大家：
我使用gmx_mpi trjconv -f 1-nvt-end-whole-nojump.xtc -s nvt-end.tpr -o 1980.gro -b 1980 -e 1980想输出第1980 ps的结构文件（1980.gro）
但是生成的结构文件用vmd打开出错。原子都不知道跑到哪个国家去了。（我看轨迹图是完全没问题的）

谢谢大家！

mol · 发表于 Post on 2018-5-7 17:19:39

输出第多少时间的构型可以用gmx_mpi trjconv -f 1-nvt-end-whole-nojump.xtc -s nvt-end.tpr -o 1980.gro -dump 1980
你的原子数太多了，通常原子序号占用4位，这样显示应该是HW1和后面的序号连起来导致的，可以把HW1紧挨着的那一列删掉

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-5-7 17:23:19

谢谢，我去试试。请问能不能用gmx生成的gro文件带有速度信息

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-5-7 18:14:30

mol 发表于 2018-5-7 17:19
输出第多少时间的构型可以用gmx_mpi trjconv -f 1-nvt-end-whole-nojump.xtc -s nvt-end.tpr -o 1980.gro - ...

您好，您的方法应该不行。

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-5-7 18:34:46

mol 发表于 2018-5-7 17:19
输出第多少时间的构型可以用gmx_mpi trjconv -f 1-nvt-end-whole-nojump.xtc -s nvt-end.tpr -o 1980.gro - ...

这个应该不影响。gro文件的格式是严格的，每项内容占多少个字符都是精确定义了的。
例如：C格式："%5d%-5s%5s%5d%8.3f%8.3f%8.3f%8.4f%8.4f%8.4f"
Fortran格式：(i5,2a5,i5,3f8.3,3f8.4)

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-8 03:56:26

压缩后上传文件（较大建议上传到网盘），便于大家找原因

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-8 03:57:01

虔诚的人发表于 2018-5-7 17:23
谢谢，我去试试。请问能不能用gmx生成的gro文件带有速度信息

trr文件里如果相应帧有速度信息，则转出的gro里就有

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-5-8 13:17:56

sobereva 发表于 2018-5-8 03:57
trr文件里如果相应帧有速度信息，则转出的gro里就有

嗯嗯，谢谢sob老师

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