关于刚性扫描二面角的问题

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2017-4-26 09:59:19

对于图1中的分子，我想扫描二面角9-8-3-4，用刚性扫描试了一下，与文献中的结果相差很大，12号原子没有跟着扫描发生变化，导致构型很扭曲，输入输出文件已经上传，我想问的是：这样的二面角用刚性扫描是不是没有意义？还是我的输入文件哪里有错误？感谢各位大神

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-4-26 10:22:46

采用柔性扫描不是更好么？

# opt=modredundant b3lyp/6-311+g(d,p) nosymm geom=connectivity

scan

0 1
C                0.00000000 0.00000000 0.00000000
C                0.00000000 0.00000000 1.38101085
C                1.19410657 0.00000000 2.10683651
C                2.39454782 0.00168756 1.39720248
C                2.40589023 -0.00473163 0.01348986
C                1.20684639 -0.00506937 -0.69052612
O                1.15311860 -0.00761806 -2.04606826
C                1.20300402 -0.00288011 3.57111557
C                2.15489457 -0.51474157 4.41353140
C                1.84262965 -0.34138410 5.77836621
C                0.65057069 0.30434339 5.97902783
S                -0.07923605 0.70931512 4.47129813
C                0.01147929 0.64415987 7.22948126
C                -1.26994977 1.11608492 7.43037000
C                -1.57571580 1.34297959 8.77780104
C                -0.52472147 1.04552595 9.62440581
S                0.83994991 0.49144194 8.71735301
C                -0.39512864 1.12440390 11.04476847
C                -1.31184433 1.53050909 11.95726537
C                -2.62785803 1.96271736 11.60991033
C                -0.97500975 1.54027234 13.34776023
N                -3.68162379 2.30661620 11.31107409
N                -0.68980885 1.54402921 14.45961387
H                -0.92402812 -0.00622141 -0.56185802
H                -0.94665403 -0.02022321 1.90781723
H                3.33372901 0.03280171 1.93452835
H                3.34842833 0.00451249 -0.52237621
H                2.04324436 -0.01062657 -2.41129374
H                3.03527520 -1.03102001 4.05876840
H                2.46185491 -0.70065889 6.58933308
H                -1.96649113 1.28098030 6.62033810
H                -2.53289283 1.70664590 9.11881226
H                0.56337188 0.82246747 11.45407790

1 2 2.0 6 1.5 24 1.0
2 3 1.5 25 1.0
3 4 1.5 8 1.0
4 5 2.0 26 1.0
5 6 1.5 27 1.0
6 7 1.0
7 28 1.0
8 9 2.0 12 1.0
9 10 1.5 29 1.0
10 11 2.0 30 1.0
11 12 1.0 13 1.5
12
13 14 2.0 17 1.0
14 15 1.5 31 1.0
15 16 2.0 32 1.0
16 17 1.0 18 1.5
17
18 19 2.0 33 1.0
19 20 1.5 21 1.5
20 22 3.0
21 23 3.0
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33

D 9 8 3 2 S 18 10.000000

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2017-4-26 10:49:24

冰释之川发表于 2017-4-26 10:22
采用柔性扫描不是更好么？

# opt=modredundant b3lyp/6-311+g(d,p) nosymm geom=connectivity

我也觉得柔性扫描更好，我用的也是柔性扫描，结果跟文献里的刚性扫描结果不同，所以审稿人让我做一个刚性扫描比较，是泛函不同导致的结果不同还是扫描方式导致的。但是我刚性扫描的结果跟文献中的也不一样，所以想问问是输入文件有误还是刚性没有意义？

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-4-26 11:02:51

本帖最后由冰释之川于 2017-4-26 11:04 编辑

旺旺雪饼发表于 2017-4-26 10:49
我也觉得柔性扫描更好，我用的也是柔性扫描，结果跟文献里的刚性扫描结果不同，所以审稿人让我做一个刚性 ...

----试一下这个输入文件的内坐标，应该可以一起旋转了----- 你的刚性扫描有点问题，需要略微调整内坐标定义。

# scan b3lyp/6-311+g** nosymm

scan

0 1
C
C                1          B1
C                2          B2 1          A1
C                3          B3 2          A2 1          D1 0
C                4          B4 3          A3 2          D2 0
C                1          B5 2          A4 3          D3 0
O                6          B6 1          A5 2          D4 0
C                3          B7 2          A6 1          D5 0
C                8          B8 3          A7 2          D6 0
C                9          B9 8          A8 3          D7 0
C                10          B10 9          A9 8          D8 0
S                8          B11 9          A10 10          D9 0
C                11          B12 10          A11 9          D10 0
C                13          B13 11          A12 10          D11 0
C                14          B14 13          A13 11          D12 0
C                15          B15 14          A14 13          D13 0
S                13          B16 11          A15 10          D14 0
C                16          B17 15          A16 14          D15 0
C                18          B18 16          A17 15          D16 0
C                19          B19 18          A18 16          D17 0
C                19          B20 18          A19 16          D18 0
N                20          B21 19          A20 18          D19 0
N                21          B22 19          A21 18          D20 0
H                1          B23 2          A22 3          D21 0
H                2          B24 1          A23 6          D22 0
H                4          B25 3          A24 2          D23 0
H                5          B26 4          A25 3          D24 0
H                7          B27 6          A26 1          D25 0
H                9          B28 8          A27 3          D26 0
H                10          B29 9          A28 8          D27 0
H                14          B30 13          A29 11          D28 0
H                15          B31 14          A30 13          D29 0
H                18          B32 16          A31 15          D30 0

B1          1.38101085
B2          1.39739522
B3          1.39450439
B4          1.38377400
B5          1.39044246
B6          1.35660888
B7          1.46430892
B8          1.37031464
B9          1.41079277
B10          1.37048665
B11          1.72095621
B12          1.44483453
B13          1.38026446
B14          1.40019443
B15          1.38195781
B16          1.70980955
B17          1.42844185
B18          1.35570634
B19          1.42805867
B20          1.43074414
B21          1.14803824
B22          1.14785547
B23          1.08145786
B24          1.08355332
B25          1.08247332
B26          1.08425826
B27          0.96214478
B28          1.08049538
B29          1.08175116
B30          1.08097735
B31          1.07922644
B32          1.08509127
A1          121.29290509
A2          118.11785677
A3          121.05809142
A4          119.77684956
A5          117.50749158
A6          121.64098067
A7          128.29451360
A8          113.27099308
A9          113.08314388
  A10       110.523
A11       128.48239545
A12       128.09978488
A13       113.46575774
A14       112.86573796
A15       121.18427756
A16       131.77892485
A17       128.64305352
A18       123.37255973
A19       119.80138442
A20       178.98433446
A21       179.20391557
A22       121.30123947
A23       119.09007962
A24       119.62477897
A25       120.08521811
A26       110.03917353
A27       122.86299194
A28       123.90003694
A29       122.77318258
A30       123.52858094
A31       116.09445473
D1          0.07861460
D2          -0.38907774
D3          0.24067009
D4          179.86789180
D5       -179.86762985
D6          151.61097335 18 10.0
D7          179.87169287
D8          -0.02221840
D9          0.499
D10       179.55281829
D11       -169.63725291
D12       179.84430587
D13          0.02788704
D14          10.56467489
D15       -179.98286434
D16          -0.08574195
D17          0.22567919
D18       -179.68907394
D19          0.78844971
D20          5.15098731
D21       179.61423792
D22       -178.53551605
D23       178.10751573
D24       179.52245981
D25       179.97197523
D26          -2.30069389
D27       178.47466705
D28          0.48283477
D29       -179.66278065
D30       -179.93393268

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2017-4-26 11:39:09

冰释之川发表于 2017-4-26 11:02
----试一下这个输入文件的内坐标，应该可以一起旋转了----- 你的刚性扫描有点问题，需要略微调整内坐标定 ...

好的多谢我试试。还有我想问一下略微调整内坐标定义有什么准则吗？怎么看出来需要调整哪个？

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-4-26 11:42:30

旺旺雪饼发表于 2017-4-26 11:39
好的多谢我试试。还有我想问一下略微调整内坐标定义有什么准则吗？怎么看出来需要调整哪个？

你那个S原子之所以不旋转，是因为用到了右边基团的C原子的二面角和键角，给固定死了

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2017-4-26 11:46:51

冰释之川发表于 2017-4-26 11:42
你那个S原子之所以不旋转，是因为用到了右边基团的C原子的二面角和键角，给固定死了

明白了，多谢多谢

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2017-4-26 15:24:41

冰释之川发表于 2017-4-26 11:42
你那个S原子之所以不旋转，是因为用到了右边基团的C原子的二面角和键角，给固定死了

还想请教一个问题，如果我想扫19-18-16-15这个二面角，内坐标该怎么调整呢？D17和D18我分别调成了20-19-18-21和21-19-18-20，但是出错了，错误信息说这个坐标定义有问题。另外，A31和D30我也改过了。我改的输入文件在附件里，多谢了

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-4-26 18:53:11

旺旺雪饼发表于 2017-4-26 15:24
还想请教一个问题，如果我想扫19-18-16-15这个二面角，内坐标该怎么调整呢？D17和D18我分别调成了20-19-1 ...

按你的要求编写的内坐标，参见附件：

scan2.rar (37.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 90)

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2017-4-26 21:07:42

冰释之川发表于 2017-4-26 18:53
按你的要求编写的内坐标，参见附件：

多谢多谢，我明白了

冰释之川 · 发表于 Post on 2018-5-5 14:16:27

本帖最后由冰释之川于 2018-5-5 16:41 编辑

旺旺雪饼发表于 2017-4-26 21:07
多谢多谢，我明白了

test.gjf (5.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 32) 按您的要求编写的内坐标和相应的扫描格式

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[Gaussian/gview] 关于刚性扫描二面角的问题

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