求助对于分析萃取体系内相互作用对象选取

sxj886

各位老师好，本人刚刚开始学习gromacs，使用amber99sb-ildn力场模拟醇萃取硼酸，体系中含有甲苯、异辛醇、硼酸和水。在分析相互作用能的过程中，对于分析对象的选取很是苦恼，无法确定哪个和哪个分子之间发生了相互作用，找不到真正发生相互作用的分子，以至于做了相互作用能的分析，出来的数据都是0。也试过了IGM、RDG、SDF的分析，但是感觉自己的思路还是不够清晰，分析也是一筹莫展。
1.该如何找到体系之中发生相互作用的分子或是组分？

2.在进行SDF分析过程中，首先选择一个硼酸分子作为中心分子，使它固定在盒子中央，然后按中心分子对轨迹进行叠合，移除中心分子的转动和平动，再统计分布。最后得到grid.cube文件，载入到vmd中进行分析，但是只能看到一个硼酸分子，不显示与其他分子的作用，grid.cube文件太大，无法上传。请教各位老师，是这种统计的方式不对吗？或者分析过程中参数选取不合理吗？选取作用对象该如何操作呢？

3.在进行IGM分析时，选取上述硼酸作为主要研究对象，找硼酸中B原子与醇中的羟基距离最近的那一个异辛醇作为分析对象，进行分析。在观看散点图时，得到如下图。

在菜单中选择3时，导出dg.cub、dg_inter.cub、dg_intra.cub、sI2r.cub拷到vmd目录下，将IGM_inter.vmd和IGM_intra.vmd也拷到vmd目录下。启动vmd，运行source IGM_inter.vmd绘制sign(lambda2)rho着色δg_inter的等值面图，发现无法载入sI2r.cub文件，需要的文件类型是.cube文件类型，但是更改文件类型后仍然弹窗报错相同的问题，想请教一下各位老师这样的分析方法是否可行？遇到这样的报错该怎样解决？谢谢各位老师！

sobereva

这种问题应当用GAFF而非AMBER，看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ2里面相关文字

1 所有类型分子之间都有相互作用，只不过强弱程度不同而已。如果你想找出有较强相互作用的，写个脚本，考察A类分子附近B类分子数目，如果平均每个A类分子较近距离内B类分子较多，说明应当有相对较强相互作用使他们容易在近距离出现。用rdf也可以。

2 搞清楚怎么在VMD里对cube文件里记录的格点数据显示等值面。如果对VMD操作不熟，用下文的脚本，注意恰当选择isovalue
在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法
http://sobereva.com/483（http://bbs.keinsci.com/thread-13329-1-1.html）

3 sl2r.cub文件不在当前目录下。VMD的文本窗口里输入pwd弄清楚当前目录是什么

sxj886

sobereva 发表于 2022-10-10 16:55
这种问题应当用GAFF而非AMBER，看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ2里面相关文字

1 所有类型分子之 ...

好的，谢谢sob老师的回复！