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[Molclus] 对molclus程序中isostat排序后的波尔兹曼分布问题

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楼主
老师好!在使用molclus中的isostat对所得构象根据能量进行排序时,因为排序的速度太慢了,所以可以将1001个构象分成两次排序,再分别取两次排序后的前20个构象重新排列吗?这样得到的玻尔兹曼分布会不会不一样?根据玻尔兹曼分布公式我觉得应该是可行的,但今天算出来只有第一个构象占有100%比例,其余构象没有比例。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-15 15:53:19 | 只看该作者 Only view this author
而且老师,对使用molclus调用xtb计算单点得到的isomers.xyz文件,在windows上使用molclus自带工具isostat排序比在linux中快许多,这是为什么?但是windows中isostat载入的文件又不能太大,载入1000个构象就会直接弹出来,不能正常排序。是因为内存不够吗?还是什么原因?

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发表于 Post on 2018-5-15 20:06:25 | 只看该作者 Only view this author
可以。原理上会有不同,但实际中应该不会有明显不同
一看能量差就知道怎么回事,也可以根据此表格自己计算
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
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发表于 Post on 2018-5-15 20:07:41 | 只看该作者 Only view this author
怡哈哈哈 发表于 2018-5-15 15:53
而且老师,对使用molclus调用xtb计算单点得到的isomers.xyz文件,在windows上使用molclus自带工具isostat排 ...


我不清楚“弹出来”是怎么回事。如果体系巨大,不排除这种情况。在命令行下运行,看报什么错就知道了。
linux版慢可能是当初编译时用的参数和windows版不同所致。
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发表于 Post on 2018-5-15 20:21:35 | 只看该作者 Only view this author
你可以试试这个linux版看速度如何,重新用ifort -O2编译的
isostat (902.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-15 20:23:35 | 只看该作者 Only view this author
嗯嗯,在windows命令行里试了,说是虚拟内存不足。那请问老师,有排序快一点的方法吗?

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发表于 Post on 2018-5-15 20:28:26 | 只看该作者 Only view this author
怡哈哈哈 发表于 2018-5-15 20:23
嗯嗯,在windows命令行里试了,说是虚拟内存不足。那请问老师,有排序快一点的方法吗?

目前没时间改算法
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发表于 Post on 2018-5-15 20:35:08 | 只看该作者 Only view this author
这是Windows 64bit版isostat,可以载入更大体系/更多帧
isostat_64bit.rar (279 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-15 20:35:11 | 只看该作者 Only view this author
哦哦好的,谢谢老师了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-15 20:50:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-15 20:35
这是Windows 64bit版isostat,可以载入更大体系/更多帧

非常感谢sob老师!

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