GNX MD快照轉PDB 部分結構座標偏移的問題(已解決)

HarrisLin

解決方式

gmx trjconv -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -o protein.pdb -sep -skip 1 -dt 66666 -pbc mol



各位前輩好
因為實驗需要打算將蛋白-配體複合體用GROMACS跑完MD後截快照來分析結構上和作用力的變化
打算透過抽取快照→轉pdb拿到Discovery Studtio上分析的方式進行

參考一些網路上相關的文章後 使用的指令如下
gmx trjconv -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -o Protein_200ns.gro -sep -skip 1 -dt 100000
gmx editconf -f Protein.gro -o CCR5_MAV_200ns.pdb -pbc no

首先從no PBC的軌跡中抽出了所要時間的快照
然後用editconf的方式轉換為PDB格式
但是轉換後的結構使用Discovery Studio或是Maesto開啟
都會出現複合體部分結構直接拉長平行位移的狀況(類似下圖)
想請問我是否使用的指令有誤或是有更好的辦法
謝謝

somniferum

。。。应该是-pbc mol吧。。。

HarrisLin

somniferum 发表于 2018-6-1 15:49
。。。应该是-pbc mol吧。。。

謝謝 試了一下 檢查了一下 發現指令也用錯了 問題解決了  等等補在一樓

lonemen

顺便学习了，谢谢分享！