求助：ATP在MD模拟中发生变形

霜晨月 · 发表于 Post on 2019-11-21 16:01:47

用Amber做一个蛋白-ATP-镁离子复合物的MD，发现模拟中ATP的末端磷酸根发生了变形，三个氧原子好像都被镁离子吸引过去了，磷原子成了四棱锥形。请问这个现象正常吗？
Amber18好像没有ATP的力场参数，我用antechamber生成的，电荷是RESP。

霜晨月 · 发表于 Post on 2019-11-21 16:03:35

如上图所示，椭圆内磷酸根发生了变形。

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-21 17:49:37

明显异常。检查磷酸基部分的键角、二面角参数

霜晨月 · 发表于 Post on 2019-11-22 13:16:56

sobereva 发表于 2019-11-21 17:49
明显异常。检查磷酸基部分的键角、二面角参数

嗯，多谢社长

hyr95 · 发表于 Post on 2020-4-28 23:37:29

请问你atp最后正常了吗？如何处理的？
Error: Could not find bond parameter for: OH - N
Building angle parameters.

Error: Could not find angle parameter: HO - OH - N

Error: Could not find angle parameter: OH - N - H

Error: Could not find angle parameter: OH - N - CQ

Error: Could not find angle parameter: C - OH - N
Building proper torsion parameters.

Error:  ** No torsion terms for  HO-OH-N-H

Error:  ** No torsion terms for  HO-OH-N-CQ

Error:  ** No torsion terms for  OH-N-CQ-NC

Error:  ** No torsion terms for  OH-N-CQ-CB

Error:  ** No torsion terms for  C-OH-N-H

Error:  ** No torsion terms for  C-OH-N-CQ
这个是我的报错，不知道如何处理

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[Amber] 求助：ATP在MD模拟中发生变形

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