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[Gaussian/gview] 求助不涉及共价键断裂的过渡态搜寻

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本帖最后由 Kary 于 2024-11-19 09:53 编辑

最近在算这一结构的过渡态,已经尝试过QST2 QST3 的方法但是失败了。初态和末态的最主要区别在于Na原子配位方式的不同。尝试改变了杂环和糖环的二面角,在保持其他的位置不动的情况下,以初态结构为例使二面角6521为-12,勉强得到了一个过渡态,但是没有办法进行IRC计算。由此想请教各位大佬,这种情况下我应该如何找到其中的过渡态,或者有什么代替方法能够过的较为完整且合理的路径。谢谢各位!
初态
末态
暂时的ts



r2-1C-2-1-c5a-scan.gjf

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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
图中都没显示原子序号,说6521毫无意义
做柔性扫描试图寻找有意义的结构当过渡态,也可以尝试用ORCA或CP2K做NEB。很可能本身这就不是基元过程,而牵扯中间体,完全不适用QST2/3
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 楼主 Author| 发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-19 08:42
Gaussian明明是量子化学程序,相关问题别发到第一性原理版块,这次给你移动了,以后注意!

好的好的,谢谢老师,第一次发帖子没搞清楚,十分抱歉!

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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
此外Na的配位数不可能这么低,应当对Na做显式溶剂化
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