有关metadynamics的后处理中的问题

gehan

请问各位，在使用cp2k计算体系的AIMD时，并且使用metadynamics功能，得到的数据怎么样才能处理得到FES图（包括一维和二维的），我在所查到的资料中，了解到cp2k自带了graph.psmp功能可以处理分析，但是对于得到的文件中的数据却不知道怎么使用，1、请问对于graph.psmp -ndim 2 -ndw 1 2  -file cp2k-1.restart  -cp2k 这样的命令所得到的fes.dat文件有三列数据，前面两列是CV值，第三列是能量（单位是a.u.），这样的理解对吗？2、但是我的第一列数据总是以一百为重复单位的重复同一个数（也就是说前一百个数都是同一个数，以此规律延续），对于这样的数据很奇怪，不知道是否正常？3、如果这三列数据正常，那么对于得到的三列数据进行画图，首先以第一列为X、第三列为Y在origin中画图，得到图一的图形，并没有连续的曲线（原因应该就是刚才说的数据重复的问题）。用同样的方法以第二列为X，第三列为Y画出图二，在文献中看到的一维FES图只有一条连续的曲线，而我这里并没有得到。请各位指教，这些图画的是不是有问题。4、此外，请问如果我想只对其中一个CV值获得对应的fes.dat文件去画FES图，应该使用下面哪个命令才能得到正确的结果呢①graph.psmp -ndim 1-ndw 1   -file cp2k-1.restart  -cp2k②graph.psmp -ndim 2 -ndw 1   -file cp2k-1.restart  -cp2k，我对比了一下，得到的文件所画出的图形，第一条命令得到的图形为图三，第二条对应图四。图形比较相像，只是对应的能量差距比较大。5、请问我第一个问题中使用的命令选择其中两个去画单独一个CV的FES图的做法是不是完全不对，还有就是想请问如果想通过graph.psmp -ndim 2 -ndw 1 2  -file cp2k-1.restart  -cp2k 这个命令得到的数据画一个二维的FES图应该怎么办？6、如果不用graph命令，有办法直接通过cp2k得到的cp2k-HILLS.metadynLog或者cp2k-COLVAR.metadynLog文件画出对应的FES图形吗？我在官方网站上找到一个相关的脚本我命为jiaoben.py，但是只能画二维的，并且图形比较模糊，请问有可以可以画出比较好看的图形的脚本和可以画出一维FES曲线的脚本吗？
在下面附上对应的文件，请各位多多指教

likejade

可能用外挂plumed 软件效果更好，CP2K对plumed的支持很好！
https://www.plumed.org/

lyj714

你应该把得到的那三列数据直接丢到origin中，分别标记为X, Y, Z，然后转成矩阵数据，再用矩阵数据来3D作图就行了

gehan

likejade 发表于 2023-5-29 07:29
可能用外挂plumed 软件效果更好，CP2K对plumed的支持很好！
https://www.plumed.org/

好的，谢谢指教，已经开始学习了，plumed是不是自带比较好用的后处理分析的功能啊

gehan

lyj714 发表于 2023-5-29 12:26
你应该把得到的那三列数据直接丢到origin中，分别标记为X, Y, Z，然后转成矩阵数据，再用矩阵数据来3D作图 ...

好的，谢谢您的指导，但是请问画出来的图形应该如何分析呢，就比如怎么找到过渡态，还有这里的XY轴应该就是cv1和CV2吧，右边的标尺对应的应该就是能量单位对应为hartree?请问我这样的理解对吗

likejade

gehan 发表于 2023-5-31 11:34
好的，谢谢指教，已经开始学习了，plumed是不是自带比较好用的后处理分析的功能啊

是的，后处理可以看这个：https://www.metadynamics.cz/metadynminer/

gehan

likejade 发表于 2023-5-31 16:47
是的，后处理可以看这个：https://www.metadynamics.cz/metadynminer/

您好，您知道关于plumed直接分析轨迹所产生的HILLS文件与cp2k和plumed连用时产生的HILLS文件之间差异的原因吗？图1是plumed使用driver命令分析AIMD跑出的xyz文件所产生的HILLS文件，第二列和第三列分别为B和H之间的配位数（我的体系是LiBH4体系）和B-H键键长。问题1、由于plumed默认的单位长度是nm，所以第三列的值平均都是1.2nm明显比我体系中B-H键长大一个数量级，而且第二列的值都是很小的数，明显的不合理，但不知道为什么。2、图2是关于与cp2k和plumed连用时产生的HILLS文件，HILLS文件中第一列本应该是时间，但是数量级仿佛被缩小了1000倍，而且不是50的倍数（pluemd文件中PACE=50），感觉有点奇怪。3、此外就是第二列和第三列的数值上，第三列是B-H键长的CV值变化，比图一中的要小十倍，如果换成埃米单位的话，还算合理，但是第二列B和H配位数的CV值都超过了100，这样的数值我无法理解，不知道是哪出了问题。图三是cp2k本身跑Metadynmics所产生的cp2k-HILLS.metadynLog文件。该文件中第二列和第三列也分别对应B和H之间的配位数和B-H键键长，第二列数值我觉得还比较合理，毕竟BH4基团本身配位数应该就是4，此外，第三列数值，由于单位本身应该是Bohr，所以转换成A后也还比较合理，在1.2A附近不断变化。综上三种不同形式得到的HILLS文件，有三种基本完成不同的数据，我个人认为，通过cp2k自身产生的HILLS文件比较合理，但是不知道为什么通过plumed所产生的结果就很奇怪，这里与plumed连用用的文件都是plumed.dat文件。

weiweiwei1212

您好，我现在刚自学metad处理自由能，也遇到了和您一样的疑惑，想请问一下有3个CV的体系，想看一下整个体系变化过程中的自由变化即一维自由能曲线，graph.psmp应该用什么指令？

JCenter

likejade 发表于 2023-5-29 07:29
可能用外挂plumed 软件效果更好，CP2K对plumed的支持很好！
https://www.plumed.org/

大佬，可以cp2k中使用colvar跑完metadynamics后，然后再使用plumed做后处理吗

XXDD

请教一下fes.dat数据里面最有一列能量的单位是什么呀