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[Gaussian/gview] 求助:过渡态优化后自旋布局和理论冲突

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本帖最后由 哈哈哈 于 2018-8-12 10:57 编辑

我实在是不知道接下来怎么做了,麻烦老师们给些建议。我做代谢路径的分析,这个反应中有两个过渡态ts1,ts2,我之前由IRC走出来的反应物产物结构是我想要的,但分析它们的自旋布局的时候,发现他们的自旋布局和我根据相关文献理解的不同,感觉前后不匹配。
然后我用非标准路径提取了IRC的每帧的自旋布局,ts1的 底物去H 这部分在ts1过程迁移走一个电子到Fe+O,留下的自旋布局为正。在ts2这个过程中由 底物去H 这部分再迁移一个电子到 SH+Por 处,从自旋布局看有电子迁移,但这里的 底物去H 这部分的自旋布局原来是正现在直接是负的了,Por+SH 那里也相应变了,这种怎么办?前后不匹配。

ts1                  


ts2


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