模拟的跨膜分子跑出了周期性盒子，如何在输出轨迹中固定膜在一侧

NEW12138 · 发表于 Post on 2025-6-26 20:47:16

本帖最后由 NEW12138 于 2025-6-27 09:52 编辑

模拟的跨膜分子在NPT期间从磷脂膜的上方跑到了下方，我之后要从上方开始拉动分子跨膜，希望最后平衡的轨迹分子在膜的上侧，可是-pbc mol、-center -cluster都试过了还是不行，想请问各位老师有没有其他的解决方法。从上方跃迁到下方的前后一帧（dt 100）的轨迹如下图

sobereva · 发表于 Post on 2025-6-27 04:31:18

没具体轨迹没法判断。如果是跨越上面的盒子边界导致跑到下面去了，可以考虑对此分子施加平底形式的位置限制势避免跑出去（原子Z坐标接近盒子顶端时，会感受到向Z负方向的力）

NEW12138 · 发表于 Post on 2025-6-27 09:50:31

sobereva 发表于 2025-6-27 04:31
没具体轨迹没法判断。如果是跨越上面的盒子边界导致跑到下面去了，可以考虑对此分子施加平底形式的位置限制 ...

谢谢sob老师，确实是跨越上方的盒子边界跑到下面去了。不过我这个模拟的目的是重复文献工作（J. Am. Chem. Soc. 2022, 144, 18532−18544），文章里SI的NPT部分就是特意解开了跨膜分子的位置限制，结果我跑出来分子就会出现这种跃迁的情况（轨迹图已放在编辑记录中），当然也会去了解一下这种平底限制，之前没有接触过

Charles_256 · 发表于 Post on 2025-7-12 16:28:17

请问您最后是怎么解决，也遇到了相同的问题

NEW12138 · 发表于 Post on 2025-7-14 22:12:41

Charles_256 发表于 2025-7-12 16:28
请问您最后是怎么解决，也遇到了相同的问题

我重跑了NPT，第二次就没跑出盒子了，实在不行，加位置限制吧

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 模拟的跨膜分子跑出了周期性盒子，如何在输出轨迹中固定膜在一侧

浏览过的版块