如何判定纳米管是否平衡

渠梦楠 · 发表于 Post on 2018-8-30 10:31:39

各位前辈好，我在跑环肽纳米管的平衡过程中，通过RMSD和总能量的变化是否可以判定该管子的平衡以及平衡的标准是什么？谢谢各位！

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-8-30 11:20:26

align以后的rmsd不再有大幅度的波动，总能量也类似

渠梦楠 · 发表于 Post on 2018-8-30 11:50:53

fhh2626 发表于 2018-8-30 11:20
align以后的rmsd不再有大幅度的波动，总能量也类似

谢谢您的回答，我做算RMSD的过程中发现它一直不收敛是什么情况？

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-8-30 13:01:22

渠梦楠发表于 2018-8-30 11:50
谢谢您的回答，我做算RMSD的过程中发现它一直不收敛是什么情况？

你怎么做的，做出来又是什么样的，你要把问题描述清楚啊

渠梦楠 · 发表于 Post on 2018-8-30 15:50:09

fhh2626 发表于 2018-8-30 13:01
你怎么做的，做出来又是什么样的，你要把问题描述清楚啊

不好意思啊，我是在vmd中调用的脚本，在vmd中有提示不收敛。

渠梦楠 · 发表于 Post on 2018-8-30 16:05:40

渠梦楠发表于 2018-8-30 15:50
不好意思啊，我是在vmd中调用的脚本，在vmd中有提示不收敛。

您看一下我在NVT系综下跑了20ns,做出来的RMSD图在附件中。跑了不止20ns，做出来的RMSD图一直是这样，这样可以算是平衡了吗？还有一个问题想问您一下，我做的是β-氨基酸，通过氢键作用形成纳米管，我最开始的结构两个环之间的羰基中的氧和氨基中的氢都形成了氢键，在跑平衡的过程中氢键的数目减少，那这个管子还牢固吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-9-3 08:08:59

渠梦楠发表于 2018-8-30 16:05
您看一下我在NVT系综下跑了20ns,做出来的RMSD图在附件中。跑了不止20ns，做出来的RMSD图一直是这样，这样 ...

不好说，而且你这个图像是没有做过align

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