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[GROMACS] 求助:兼容Drude力场的gromacs编译及联用plumed的问题

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楼主
各位老师好,请问兼容Drude力场的gromacs可以联用plumed并且编译mpi和gpu版本吗?
1.下载gromacs-drude并解压进入目录后,plumed patch -p没有对应版本,

2.编译时输入指令cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/soft/gmx-drude -DGMX_MPI=ON  CC=mpicc CXX=mpicxx -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/soft/cuda-10.0后报错,
报错信息:
CMake Error at cmake/gmxOptionUtilities.cmake:79 (message):
  Invalid value for GMX_SIMD: .  Pick one of: None, SSE2, SSE4.1,
  AVX_128_FMA, AVX_256, AVX2_256, AVX_512F, AVX_512ER, MIC, ARM_NEON,
  ARM_NEON_ASIMD, IBM_QPX, IBM_VMX, IBM_VSX, Sparc64_HPC_ACE, Reference
Call Stack (most recent call first):
  CMakeLists.txt:229 (gmx_option_multichoice)

不知道有没有什么解决办法呢?希望各位老师赐教,谢谢!

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发表于 Post on 2022-10-13 11:26:06 | 只看该作者 Only view this author
我能给的最好的建议就是别用它,用一些阳间的东西跑,比如NAMD和OpenMM。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-13 20:55:30 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2022-10-13 11:26
我能给的最好的建议就是别用它,用一些阳间的东西跑,比如NAMD和OpenMM。

感谢老师回复!目前在学习OpenMM和NAMD了,但是目前了解到的信息是Open MM好像没有mpi版本,NAMD联用plumed只能跑NVT模拟。请问老师知道OpenMM怎么编译mpi版本跑mpi任务吗?

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发表于 Post on 2022-10-14 10:25:27 | 只看该作者 Only view this author
小熊也有梦想 发表于 2022-10-13 20:55
感谢老师回复!目前在学习OpenMM和NAMD了,但是目前了解到的信息是Open MM好像没有mpi版本,NAMD联用plum ...

为什么非要跑MPI版本,是没有显卡吗?

NAMD联用Plumed只能跑NVT这个说法非常奇怪,建议查证一下。以及都用NAMD了为什么还要用Plumed,colvar不行吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-14 18:05:42 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2022-10-14 10:25
为什么非要跑MPI版本,是没有显卡吗?

NAMD联用Plumed只能跑NVT这个说法非常奇怪,建议查证一下。以及 ...

老师,我跑的是副本交换,好像必须用mpi?
关于NAMD我再去查证一下,感谢老师!

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发表于 Post on 2022-10-15 10:07:43 | 只看该作者 Only view this author
小熊也有梦想 发表于 2022-10-14 18:05
老师,我跑的是副本交换,好像必须用mpi?
关于NAMD我再去查证一下,感谢老师!

gmx的REMD才要MPI,OpenMM不需要。NAMD应该都可以,不应该有差别。

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发表于 Post on 2023-11-25 00:28:17 | 只看该作者 Only view this author
你好,你能分享一下你下载的gromacs-drude的安装包吗,我下载不了

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发表于 Post on 2025-8-4 11:19:45 | 只看该作者 Only view this author
请教一下,这个drude版本能用吗

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