Hydration free energy (水溶解自由能）计算时，溶质的状态该怎么考虑？

abdoman · 发表于 Post on 2016-11-1 11:22:28

在用amber进行hydration free energy 计算的时候，有一个疑问就是溶质分子的离解状态需要考虑吗？比如说乙酸CH3COOH （pKa = 4.76）在pH=7.4 的时候，主要应该是CH3COO-的形式存在于水溶液中的。
那么在计算准备小分子的top文件时，小分子是用中性，还是带一个单位负电荷？
如果带一个单位负电荷，那加入水箱后，整个体系电荷带一个单位负电荷，可否？

看到文献上，比如 http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/ct800409d
就是直接中中性分子计算的。那对于酸，碱之类可电离的分子，计算会不会有问题？

苏玖染 · 发表于 Post on 2018-9-5 16:10:35

您好，请问您有答案了么？

abdoman · 发表于 Post on 2018-9-6 13:30:43

建议按照中性处理计算。

Jack · 发表于 Post on 2018-9-6 15:58:03

整个体系不是中性的么？虽然是以离子形式存在的，但乙酸本身就是一个中性分子，有一个正离子解离出来就有一个负离子。

abdoman · 发表于 Post on 2018-9-7 16:29:30

Jack 发表于 2018-9-6 15:58
整个体系不是中性的么？虽然是以离子形式存在的，但乙酸本身就是一个中性分子，有一个正离子解离出来就有一 ...

整体体系就是中性，而且羧酸根基团当作COOH算。

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[Amber] Hydration free energy (水溶解自由能）计算时，溶质的状态该怎么考虑？