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[综合交流] 审稿意见中关于分子动力学模拟中的控温方法该如何回复?

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最近用gromacs做分子动力学模拟,过程中始终用Nosé-Hoover thermostat控温。审稿人提到:The use of a global thermostat means instantaneous dissipation of the latest heat, and this is not considered.请问是什么意思?该如何回复?

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发表于 Post on 2022-11-1 05:41:33 | 只看该作者 Only view this author
先交代清楚自己模拟的是什么
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-1 09:10:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-1 05:41
先交代清楚自己模拟的是什么
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清 ...

抱歉,是模拟的铁表面上甲烷水合物的成核过程,水用的是TIP4P/ICE,甲烷用的联合原子,铁的nonbond参数取自文献。审稿人的这个问题不太清楚是什么意思,该如何回答:The use of a global thermostat means instantaneous dissipation of the latest heat, and this is not considered.

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发表于 Post on 2022-11-1 13:44:38 | 只看该作者 Only view this author
首先Nosé-Hoover热浴就不是global thermostat,通常认为是local thermostat
给你两页PPT看下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-1 14:03:05 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2022-11-1 13:44
首先Nosé-Hoover热浴就不是global thermostat,通常认为是local thermostat
给你两页PPT看下

非常感谢。审稿人所说的instantaneous dissipation of the latest heat是什么意思啊?算法的具体细节我不太懂

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发表于 Post on 2022-11-1 17:34:32 | 只看该作者 Only view this author
418086011 发表于 2022-11-1 14:03
非常感谢。审稿人所说的instantaneous dissipation of the latest heat是什么意思啊?算法的具 ...

个人理解,Berendsen和V-Rescale这类控温手段都是基于当前的温度对所有分子的速度进行全局的rescale,因此可以认为局部的热量被瞬时扩散到整体了,也就是审稿人的说法。我不是很清楚Nosé-Hoover控温的算法原理,但是如果如4L所说可以被认为是local thermostat的话,仅凭这点就可以直接argue回去

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-1 21:15:27 | 只看该作者 Only view this author
meneshail 发表于 2022-11-1 17:34
个人理解,Berendsen和V-Rescale这类控温手段都是基于当前的温度对所有分子的速度进行全局的rescale,因 ...

感谢!还是委婉也回复他吧

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发表于 Post on 2022-11-2 07:26:23 | 只看该作者 Only view this author
顺带一提,热浴是不是global也不完全是看热浴,还看程序设置/实现
比如CP2K里用热浴时&THERMOSTAT \ &REGION可以控制热浴的耦合对象,如果用MASSIVE就是作用到每个自由度上
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-2 10:22:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-2 07:26
顺带一提,热浴是不是global也不完全是看热浴,还看程序设置/实现
比如CP2K里用热浴时&THERMOSTAT \ &REGI ...

谢谢社长!

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