用g_mmpbsa进行GROMACS模拟结果的能量分解如何分别获得VDW和静电作用部分

devil_lei · 发表于 Post on 2017-8-31 19:08:18

做蛋白和配体结合在水环境下的分子动力学模拟，用g_mmpbsa计算MM_PBSA结合自由能，后通过官方教程的方法，利用MmPbSaDecomp.py对各个残基的贡献值进行能量分解，但是有一事不理解，能量分解出的结果有MM部分，POLAR部分和APOLAR部分，但是MM部分应该包含VDW和静电作用部分，请问如何对MM部分进行分解。

hkobe · 发表于 Post on 2018-9-17 16:05:01

请问你的问题解决了吗？是如何做的呢？我也遇到同样的问题了，求解

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[GROMACS] 用g_mmpbsa进行GROMACS模拟结果的能量分解如何分别获得VDW和静电作用部分

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