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[Gaussian/gview] 关于过渡态检测的问题

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本帖最后由 limaolin0 于 2015-6-24 10:47 编辑

各位老师好:
    在使用高斯进行过渡态计算的时候,过渡态已经找到。
    结果发现:1. 从IRC各个点对应的情况来看,的确是从反应物向产物的变化过程。
                     2. 过渡态的吉布斯自由能比产物和反应物都要低,这个和一般的计算结果不一样,不知道是什么原因。


以下是产物、反应物、过渡态能量关系:

主要问题有三个:
1.RMS出现了两个拐点,想问问一般这样的情况是否正常?
2.出现过渡态比产物和反应物的吉布斯自由能都低的情况是不是说明这个反应不要需要越过能垒就能自发的发生?
3.刚接触到高斯不久,不知道这样的结果可不可靠?

还请各位老师指点迷津
        谢谢

以下是IRC输入文件:
%chk=TS-3-bc-IRC.chk
%mem=12000MB
%nprocshared=8
# b3lyp/genecp irc=(calcfc, maxpoints=10, stepsize=10)

TS-3-bc-IRC

0 1
.....
.....

C H O N P 0
6-31G*
****
Ir 0
LANL2dz
****

Ir 0
LANL2dz



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发表于 Post on 2015-6-24 11:48:57 | 只看该作者 Only view this author
1 正常

2、3 你在找过渡态的时候就应该带着溶剂模型,此时不可能“单点能(溶剂化后)”中过渡态能量比产物还低。

过渡态的自由能比反应物和产物低并不稀奇,此时说明此过渡态只是理论上的过渡态,而非实际的过渡态。这点在本论坛里以前也有讨论,可以用论坛首页的google搜索栏搜搜。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-25 21:55:12 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sobereva老师

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发表于 Post on 2015-6-25 22:37:11 | 只看该作者 Only view this author
同意  今天上课的时候练习 就发现了带着溶剂效应和不带 差别还是有点大的
主攻: 蛋白-蛋白对接,蛋白de novo设计、蛋白结构建模,抗体设计等方向。Rosetta/PyRosetta

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发表于 Post on 2015-8-5 19:23:33 | 只看该作者 Only view this author
学习了,和自己想的差好多啊

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