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[综合交流] 请问该图中,每一个原子或分子的温度变化是怎么做出来的呢

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请问该图中,每一个原子或分子的温度变化是怎么做出来的呢

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发表于 Post on 2018-11-3 20:53:06 | 只看该作者 Only view this author
说清楚具体情况,用的什么程序做的MD
对于gromacs,用自带的gmx traj就可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-3 21:55:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-3 20:53
说清楚具体情况,用的什么程序做的MD
对于gromacs,用自带的gmx traj就可以

老师,我用的dmol3做的,,出来结果只有一个总体系的温度随时间变化

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发表于 Post on 2018-11-4 05:03:35 | 只看该作者 Only view this author
CocuLiu 发表于 2018-11-3 21:55
老师,我用的dmol3做的,,出来结果只有一个总体系的温度随时间变化

那你只能想办法在M$里用Perl通过脚本方式把不同片段的原子的速度提取出来,然后自行折算成温度
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-4 13:24:49 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2018-11-4 15:01:33 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
哈哈,M$

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-4 15:22:53 | 只看该作者 Only view this author

有啥深意吗??

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-5 21:30:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-4 05:03
那你只能想办法在M$里用Perl通过脚本方式把不同片段的原子的速度提取出来,然后自行折算成温度

老师您好,您能给提供以下怎样通过Perl脚本来提取原子的速度吗?
或者给一些使用Perl的实例也行。

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发表于 Post on 2018-11-6 03:32:20 | 只看该作者 Only view this author
CocuLiu 发表于 2018-11-5 21:30
老师您好,您能给提供以下怎样通过Perl脚本来提取原子的速度吗?
或者给一些使用Perl的实例也行。

例如
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143

M$里写脚本的方法、可以用的命令、参数之类见M$的help
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发表于 Post on 2018-11-6 03:32:55 | 只看该作者 Only view this author
CocuLiu 发表于 2018-11-4 15:22
有啥深意吗??

一个字,黑
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sobereva 发表于 2018-11-6 03:32
例如
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143

老师,我转换成功了。下一步再怎样用VMD来提取或者可视化原子的速度呢?
希望老师给指点指点,同门师兄都没做过这个。

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发表于 Post on 2018-11-7 00:21:45 | 只看该作者 Only view this author
CocuLiu 发表于 2018-11-6 10:03
老师,我转换成功了。下一步再怎样用VMD来提取或者可视化原子的速度呢?
希望老师给指点指点,同门师兄 ...

xyz文件拖到VMD main窗口直接就能显示轨迹
"可视化原子的速度"怎么实现看你想以什么方式来表现。如果你要用VMD来分析,先得想办法把速度读到VMD里,然后再自己写VMD的tcl脚本进行分析。下文可以参考
使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法
http://sobereva.com/117
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