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[Molclus] 请问在固定温度和压强的情况下如何找两个分子的最优构型

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楼主
各位老师好,最近希望找到一个苯酚分子和一个硝基苯分子在323K和1atm下的最优构型,
拜读了 “genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具” 这篇博文后用genmer结合molclus生成并用Gaussian优化一系列结构,我准备将这些结构比较能量以及计算323K下的根据Boltzmann分布,但是这些是不是没办法对应于题目要求的50摄氏度和1atm的要求呢?第一次接触这类分子团簇,请问各位老师有没有什么建议?

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发表于 Post on 2025-3-23 15:11:33 | 只看该作者 Only view this author
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-3-24 10:08:39 | 只看该作者 Only view this author
molclus做构型搜索给你的是各种势能面极小点结构,同时得到它们的电子能量,这都是独立于温度和压力的。仅当你对这些结构算热力学量(以及依赖于相对自由能的Boltzmann分布)的时候,才能体现温度、压力(都是按理想气体热力学公式算的,至多再考虑隐式溶剂模型)。详见楼上提到的我的博文,并且建议把下文提到的Shermo手册附录的热力学数据计算常识看看
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-25 22:29:56 | 只看该作者 Only view this author
好的 谢谢各位老师

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