求助，配比不同的模拟体系计算出来的能量是否有可比性？

滚滚滚拉 · 发表于 Post on 2019-5-6 02:13:00

如题，请问配比不同的两个模拟体系跑完MD之后的计算结果是否具有可比性？例如，有以下两个体系：（1）吲哚美辛:水=130:5000；（2）吲哚美辛:乙醇=44:256，跑完MD之后求算两个体系的相互作用能，若算得吲哚美辛与水之间的相互作用能更大，能否说明吲哚美辛与水之间的相互作用力大于吲哚美辛与乙醇之间的相互作用能？

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-6 08:27:49

不能。
你如果只跑一个吲哚美辛还说得过去（实际上一般思路是通过TI方式算分子的溶解自由能）

滚滚滚拉 · 发表于 Post on 2019-5-6 10:53:18

sobereva 发表于 2019-5-6 08:27
不能。
你如果只跑一个吲哚美辛还说得过去（实际上一般思路是通过TI方式算分子的溶解自由能）

谢谢sob老师。还想请教一下两个问题：
（1）我计算的是这两个体系的平均相互作用能，是否就可以消除配比带来的影响呢？
（2）您说的TI方式是指的什么呢？搜了一圈没搜到

k64_cc · 发表于 Post on 2019-5-6 14:44:33

滚滚滚拉发表于 2019-5-6 10:53
谢谢sob老师。还想请教一下两个问题：
（1）我计算的是这两个体系的平均相互作用能，是否就可以消除配比 ...

TI：https://en.wikipedia.org/wiki/Thermodynamic_integration

滚滚滚拉 · 发表于 Post on 2019-5-6 15:17:49

k64_cc 发表于 2019-5-6 14:44
TI：https://en.wikipedia.org/wiki/Thermodynamic_integration

谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-7 08:27:13

滚滚滚拉发表于 2019-5-6 10:53
谢谢sob老师。还想请教一下两个问题：
（1）我计算的是这两个体系的平均相互作用能，是否就可以消除配比 ...

你就算用总相互作用能除以了吲哚美辛的分子数，这也显得不是很理想。你关心的只是吲哚美辛与水之间的相互作用能，模拟一个吲哚美辛就足够了啊。除非你对吲哚美辛浓度问题也很关心。

滚滚滚拉 · 发表于 Post on 2019-5-7 13:23:18

sobereva 发表于 2019-5-7 08:27
你就算用总相互作用能除以了吲哚美辛的分子数，这也显得不是很理想。你关心的只是吲哚美辛与水之间的相互 ...

谢谢sob老师解答

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