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[新手求助] 请问各位老师,如何用高斯算模板分子与不同单体之间的相互作用距离呢,有相关博文吗

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楼主
请问各位老师,如何用高斯算模板分子与不同单体之间的相互作用距离呢,有相关博文吗?

比如我想算在不同溶剂中DM与AM之间的相互作用距离,可以请问一下怎么操作吗?



                   和            
                        DM                                                                     CH2=CHCONH2   
                                                                                                            AM

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发表于 Post on 2018-11-30 12:03:03 | 只看该作者 Only view this author
放在一起优化二聚体,然后用gview测量距离
如果你不知道怎么结合是最稳定的,可以用molclus搜索,看
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
genmer:生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

如果不知道用什么级别优化合适,看
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

一般计算条件下,B3LYP-D3(BJ)/6-311G**优化这个就够了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-13 09:50:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-30 12:03
放在一起优化二聚体,然后用gview测量距离
如果你不知道怎么结合是最稳定的,可以用molclus搜索,看
使用 ...

老师您好,Guassion5.0版本的好像不能用DFT-D3,必须要Guassion9.0?请问老师有安装包吗?

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发表于 Post on 2018-12-13 19:55:48 | 只看该作者 Only view this author
大王雷 发表于 2018-12-13 09:50
老师您好,Guassion5.0版本的好像不能用DFT-D3,必须要Guassion9.0?请问老师有安装包吗?

从来就没有过5.0、9.0
别误拼Gaussian
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-14 16:29:57 | 只看该作者 Only view this author
不好意思我写错了,也谢谢老师的解答,应该是gaussian view和gaussian 09,根据老师博文里写的,是把两个分子放进gaussian view里优化,同时启动gaussian09 写上EmpiricalDispersion=GD3BJ?再进行优化吗?看的不是很懂,请老师解答,感谢!

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发表于 Post on 2018-12-14 19:11:00 | 只看该作者 Only view this author
大王雷 发表于 2018-12-14 16:29
不好意思我写错了,也谢谢老师的解答,应该是gaussian view和gaussian 09,根据老师博文里写的,是把两个分 ...

那不叫gaussian view,而叫GaussView
gview里把两个分子摆到一起,如果化学直觉好,尽量摆得距离合适、朝向合适(这样更容易收敛、减少优化所需步数)。不是非得加色散校正,只有B3LYP之类完全描述不了色散作用的泛函算弱相互作用才必须加色散校正。我的博文都写得很易懂,一次读不明白就多读几遍。
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