gromacs模拟蛋白结果异常，请教mdp参数设置

Sagaf

各位好，我做了一个50ns的模拟，看rmsd应该是稳定了，但是抽了几帧结构发现跑拉丝了。麻烦各位老师帮忙看下是不是mdp文件设置不合理，谢谢！



title                   = MD simulation
; Run parameters
integrator              = md        ; leap-frog integrator
nsteps                  = 25000000   ; 2 * 25000000 = 50000 ps (50 ns)
dt                      = 0.002     ; 2 fs
; Output control
nstenergy               = 10000      ; save energies every 20.0 ps
nstlog                  = 10000      ; update log file every 20.0 ps
nstxout-compressed      = 10000      ; save coordinates every 20.0 ps
nstvout                 = 10000      ;
; Bond parameters
continuation            = yes       ; continuing from NPT
constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints
constraints             = h-bonds   ; bonds to H are constrained
lincs_iter              = 1         ; accuracy of LINCS
lincs_order             = 4         ; also related to accuracy
; Neighbor searching and vdW
cutoff-scheme           = Verlet
ns_type                 = grid      ; search neighboring grid cells
nstlist                 = 20        ; largely irrelevant with Verlet
rlist                   = 1.2
vdwtype                 = cutoff
vdw-modifier            = force-switch
rvdw-switch             = 1.0
rvdw                    = 1.2       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype             = PME       ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
rcoulomb                = 1.2
pme_order               = 4         ; cubic interpolation
fourierspacing          = 0.12      ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling
tcoupl                  = Nose-Hoover
tc-grps                 = Protein Non-Protein    ; two coupling groups - more accurate
tau_t                   = 1.0   1.0                     ; time constant, in ps
ref_t                   = 300   300                     ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling
pcoupl                  = Parrinello-Rahman             ; pressure coupling is on for NPT
pcoupltype              = isotropic                     ; uniform scaling of box vectors
tau_p                   = 2.0                           ; time constant, in ps
ref_p                   = 1.0                           ; reference pressure, in bar
compressibility         = 4.5e-5                        ; isothermal compressibility of water, bar^-1
; Periodic boundary conditions
pbc                     = xyz       ; 3-D PBC
DispCorr                = EnerPres
; Velocity generation
gen_vel                 = no        ; continuing from NPT equilibration

student0618

用trjconv pbc -mol处理周期性边界。

Sagaf

student0618 发表于 2025-4-14 21:36
用trjconv pbc -mol处理周期性边界。

好的，我试试

Sagaf

student0618 发表于 2025-4-14 21:36
用trjconv pbc -mol处理周期性边界。

已解决，谢谢