sobEDA使用初体验以及一些关于基团片段弱相互作用的问题

ZetaFunction · 发表于 Post on 2023-8-30 17:18:39

本帖最后由 ZetaFunction 于 2023-8-30 17:22 编辑

在修回的文章里想添加EDA部分，本来是想用SAPT做的，结果计算速度慢只算的动SAPT0不说，有些结构还死活不收敛，弄得我心力憔悴。在Sobevera老师的推荐下在截至日期的前几天转用了他新开发的sobEDA，试用下来的效果只能用一句话形容，“令人震惊的好”！关于计算精度sobEDA的原文已经做过测试了，在S66测试集上和使用完备基组的SAPT2+的差异很微小，但是计算效率不知道提高了多少倍。一共五十多个原子的片段，我用“银级”的SAPT2+/aug-cc-pVDZ在PSI4下要算十几二十个小时，在sobEDA下用B3LYP-D3/6-311G+(2d,p)不到五分钟就算完了，速度快到我一度怀疑是不是程序出错了。把计算的结果对比我之前用SAPT2+/aug-cc-pVDZ算的结果，发现差距基本都在1kcal/mol之内。

这样的效率提升，说一句“革命性”完全不过分。尽管其普适性鲁棒性尚需更多更广泛的测试，但是目前看来至少对于一般常见的主族有机体系来说是没什么问题的。接近一百倍的效率提升使得一些之前受限于算力没法实现，或者只能用低精度的SAPT0甚至要退到分子力场才能算的动的大体系高批量分析成为了可能，在未来的应用前景比起SAPT只会更广。

关于弱相互作用分析，我还有一些疑问希望向大家请教探讨：

首先是关于机组重叠误差BSSE，是否可以认为其在同一个体系，比如两个片段的SCAN中近似不变？虽然从原理上说，BSSE产生的原因是相邻原子的基组之间发生重叠，使得基组的完备性更高了，能量也就计算得更准了，在SCAN中两个片段的距离如果拉得越来越远BSSE当然会有所变化，但是我未见有人专门在SCAN中考虑BSSE。是否可以这样认为，只要体系几何结构前后变化不是太大，那么BSSE就可以近似得看作是一个常数？

其次是关于基团之间的弱相互作用计算，如果想计算两个片段的某些基团对相互作用的贡献，有什么方法比较合适？可以采用截断后补氢的方法吗？比如说两条DNA短链，想要计算其中某一对碱基配对的贡献，是否可以将这两个碱基截断然后补氢？与之类似的，大的环形链状分子的首尾基团相互作用是否也可以用相同的方法计算？如果环形链状分子还没有大到可以忽略截断的影响，还有什么方法可以用来分析这类相互作用？

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-30 23:16:26

谢谢对sobEDA的积极评价

如果是对分子间距离扫描，BSSE会随着扫描距离的增加而减小

可以

至于其它情况，没有具体体系没法准确说怎么最佳地设计计算思路减小截断的影响。

John_Tao · 发表于 Post on 2023-8-31 13:08:11

sobereva 发表于 2023-8-30 23:16
谢谢对sobEDA的积极评价

如果是对分子间距离扫描，BSSE会随着扫描距离的增加而减小

sob老师好，请问sobEDA目前如何引用呀~
我也准备在文章中加，不得不说使用体验真是太好了！

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-31 15:02:58

John_Tao 发表于 2023-8-31 13:08
sob老师好，请问sobEDA目前如何引用呀~
我也准备在文章中加，不得不说使用体验真是太好了！

引用sobEDA原文
Tian Lu, Qinxue Chen, Simple, Efficient, and Universal Energy Decomposition Analysis Method Based on Dispersion-Corrected Density Functional Theory, J. Phys. Chem. A, 127, 7023 (2023) https://doi.org/10.1021/acs.jpca.3c04374

同时引用Gaussian和Multiwfn（引程序原文）

ZetaFunction · 发表于 Post on 2023-10-13 15:30:50

sobereva 发表于 2023-8-31 15:02
引用sobEDA原文
Tian Lu, Qinxue Chen, Simple, Efficient, and Universal Energy Decomposition Analys ...

感谢老师的帮助，我使用了sobEDA的文章已在ASC Catalysis上正式发表，应该很快会收到引用提醒。

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-13 15:58:04

ZetaFunction 发表于 2023-10-13 15:30
感谢老师的帮助，我使用了sobEDA的文章已在ASC Catalysis上正式发表，应该很快会收到引用提醒。

昨天我已注意到你这篇文章，在
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）
的回帖里提及了

szdn · 发表于 Post on 7 day ago

请问使用该程序时加了迭代次数以及SCF=conver=6，SCF=vshift=500，SCF=NoVarAcc，int=acc2e=12等关键词后仍不收敛有什么解决办法吗？有些收敛到10e-5左右了，能不能续算？在template.gjf文件里加guess=read,geom=check好像不管用，程序会新建fragment1覆盖。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[辅助/分析程序] sobEDA使用初体验以及一些关于基团片段弱相互作用的问题