求助：使用ATB生成小分子的拓扑文件时，netcharge如何计算

wyxlfw · 发表于 Post on 2022-12-4 20:46:52

本帖最后由 wyxlfw 于 2022-12-10 23:57 编辑

老师好，我是一位刚刚开始学习gromacs的新手，我现在有几个问题一是关于使用ATB生成小分子的拓扑文件时，net charge如何得到呢？                                                             图1 submit时遇到的问题


希望能够得到老师的解答。

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-5 02:02:07

提问时绝对不要机器翻译成中文，能给你回答问题的人没学过英文么？做这种毫无意义的翻译只会阻碍别人理解

1 中性分子就是0，离子就是实际带电量

2 ATB库里没有就自己上传结构文件让ATB产生

另外，若无特殊原因，对有机分子我一律强烈建议用sobtop产生基于GAFF的拓扑文件，又方便又可靠，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop

wyxlfw · 发表于 Post on 2022-12-5 14:15:07

sobereva 发表于 2022-12-5 02:02
提问时绝对不要机器翻译成中文，能给你回答问题的人没学过英文么？做这种毫无意义的翻译只会阻碍别人理解
...

好的谢谢老师，我会按照老师的步骤试试看的

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：使用ATB生成小分子的拓扑文件时，netcharge如何计算

浏览过的版块