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[综合交流] 气相分子在固体表面不同位点的迁移使用高斯计算思路

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NOx分子在Pt(贵金属催化剂)/BaO(其中Al2O3作为Pt和Ba的载体)之间的迁移过程,想用高斯计算NOx吸附Ba->脱附->迁移至Pt位点的过程,找到迁移过程中NOx(或离子)的变化,请问该是怎样一个思路计算呢?我是小白,才接触量化,还请各位大神不吝赐教,由衷感激~

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发表于 Post on 2019-5-24 16:59:41 | 只看该作者 Only view this author
高斯周期性计算比较弱,这个可以考虑用团簇计算

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-24 19:58:42 | 只看该作者 Only view this author
ximi1986 发表于 2019-5-24 16:59
高斯周期性计算比较弱,这个可以考虑用团簇计算

首先非常感谢您的回复,还有一点疑问,高斯可以用来计算孤立体系(团簇),气相分子在表面催化问题的高斯计算,大体是怎样一个思路呢?如果这样的计算,高斯不合适,请问是不是该用基于第一性原理的软件包呢?

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发表于 Post on 2019-5-25 02:48:53 | 只看该作者 Only view this author
Hassan 发表于 2019-5-24 19:58
首先非常感谢您的回复,还有一点疑问,高斯可以用来计算孤立体系(团簇),气相分子在表面催化问题的高斯 ...

构建足够大的复晶胞,然后挖出一块足够大的区域,在团簇靠中间的区域考察你要研究的问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-25 08:49:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-25 02:48
构建足够大的复晶胞,然后挖出一块足够大的区域,在团簇靠中间的区域考察你要研究的问题

首先非常感谢sobereva老师的关注和回复,非常荣幸~

1. 足够大的复晶胞和足够大的区域,其中“足够大”如何理解,可否大约量化一下 (包括复晶胞和区域的相对大小)?
2. “区域”挖出来之后,区域周围原子是否需要固定(除与气相分子接触面)?
3. 以上过程使用高斯软件实现可行性如何?

再次感谢sobereva老师,非常幸运无意间发现了这个论坛~

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发表于 Post on 2019-5-25 09:41:03 | 只看该作者 Only view this author
Hassan 发表于 2019-5-25 08:49
首先非常感谢sobereva老师的关注和回复,非常荣幸~

1. 足够大的复晶胞和足够大的区域,其中“足够大” ...

1 没法说得那么明确,反正不能紧挨着,起码也得有5埃的距离,否则边界效应对关键区域的影响太明显
2 需要
3 挖是通过可视化程序实现的。建模之后可以用Gaussian算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-25 09:48:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-25 09:41
1 没法说得那么明确,反正不能紧挨着,起码也得有5埃的距离,否则边界效应对关键区域的影响太明显
2 需 ...

非常感谢sobereva老师的及时回复,还有最后一个小问题,可视化程序有推荐吗(配合高斯使用)?
大赞量化公社~(((o(*゚▽゚*)o)))

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-25 09:53:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-25 09:41
1 没法说得那么明确,反正不能紧挨着,起码也得有5埃的距离,否则边界效应对关键区域的影响太明显
2 需 ...

对啦~sobl老师,咱有没有那种微信公众号之类的,可以关注(避免电脑不在身边也想进入公社的情况)

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发表于 Post on 2019-5-25 10:07:30 | 只看该作者 Only view this author
Hassan 发表于 2019-5-25 09:53
对啦~sobl老师,咱有没有那种微信公众号之类的,可以关注(避免电脑不在身边也想进入公社的情况)

公众号和是否进入公社没有什么直接关系

公众号只有“北京科音”(看我的签名),论坛没有
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-25 10:16:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-25 10:07
公众号和是否进入公社没有什么直接关系

公众号只有“北京科音”(看我的签名),论坛没有

好的,关于公众号已了解~

最后:“挖是通过可视化程序实现的”,GaussView 可以胜任吗?

再次感谢sobereva老师,感觉找到了根据地~

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发表于 Post on 2019-5-26 04:37:17 | 只看该作者 Only view this author
Hassan 发表于 2019-5-25 10:16
好的,关于公众号已了解~

最后:“挖是通过可视化程序实现的”,GaussView 可以胜任吗?

有时候可以,有时候不行
gview对cif文件的兼容性不好,有的时候可能载入失败。如果能载入的话,通过PBC editor可以复制延展成复晶胞,然后再自己一点点切割就可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-26 09:58:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-26 04:37
有时候可以,有时候不行
gview对cif文件的兼容性不好,有的时候可能载入失败。如果能载入的话,通过PBC  ...

sob老师,同时在论坛里发现了《genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具》(http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html),复晶胞的构建可否使用该工具呢?

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发表于 Post on 2019-5-26 10:03:27 | 只看该作者 Only view this author
Hassan 发表于 2019-5-26 09:58
sob老师,同时在论坛里发现了《genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具》(http ...

不是一码事
复晶胞用vesta、M$、avogadro等等都能建
下面的视频涉及了VESTA构建复晶胞的过程

基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构
https://www.bilibili.com/video/av35864488/
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-26 10:33:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-26 10:03
不是一码事
复晶胞用vesta、M$、avogadro等等都能建
下面的视频涉及了VESTA构建复晶胞的过程

哇,很清晰~载体表面有两种物质(Pt和BaO均匀分散)同时存在,其复晶胞构建的话,两物质的晶胞怎样的相对位置才能体现实际情况呢?(左PT右BaO并列、还是BaO包含Pt?)

刚开始接触量化,可能问题描述的不是很清晰,或者不恰当,还望老师体谅~再次感谢~

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发表于 Post on 2019-5-27 03:49:30 | 只看该作者 Only view this author
Hassan 发表于 2019-5-26 10:33
哇,很清晰~载体表面有两种物质(Pt和BaO均匀分散)同时存在,其复晶胞构建的话,两物质的晶胞怎样的相对 ...

你这个体系过于具体,我对这种体系没有了解,看看类似文献里都是什么样结构吧
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