求助如何修改GFN-xTB MD轨迹坐标的格式

Frank · 发表于 Post on 2020-6-15 11:53:51

我最近在用GFN-xTB做一个溶液体系的MD用于sampling溶质附近的溶剂分子，但是在处理xtb.trj的坐标时发现最后几步因为坐标位数问题会导致坐标显示为****,如下

H    1480.33852429906528******************** 2077.52880016800145
C    1480.97591552870358******************** 2076.90966267062231
H    1481.29860166295930******************** 2077.54133727536919
H    1480.33774040387539******************** 2076.09874105740710
O    1482.11704712423239******************** 2076.48334492774711
H    1482.07369349691339******************** 2075.53523490836551
H    -291.00737933018684  106.06996942583578  448.49424103589968
C    -291.32110810765886  106.21892987948067  447.45814797508143

所以我想请教下是否有选项可以控制xtb输出坐标的位数，譬如只输出小数点后10位？

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-6-15 12:40:19

你不觉得这部分坐标有问题吗。这么大

Frank · 发表于 Post on 2020-6-15 13:21:55

liuyuje714 发表于 2020-6-15 12:40
你不觉得这部分坐标有问题吗。这么大

嗯，我也觉得奇怪，xtb应该默认做非周期性的NVT模拟，不知道为什么坐标为什么会这么大。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-6-15 14:20:48

这体系早都断成两节了吧

Frank · 发表于 Post on 2020-6-15 14:38:19

liyuanhe211 发表于 2020-6-15 14:20
这体系早都断成两节了吧

类似周期性MD的那种upwrapped coordinates，也不能用VMD wrap到一个盒子里面，但是默认的xtb-md应该是没有周期性的呀...

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-15 22:33:30

要想修改显示位数，需要自己修改源码编译xtb
Grimme的xtb程序的编译方法
http://sobereva.com/521

当前明显是模拟自身就有严重问题。没有具体信息无法判断

Frank · 发表于 Post on 2020-6-16 18:08:54

sobereva 发表于 2020-6-15 22:33
要想修改显示位数，需要自己修改源码编译xtb
Grimme的xtb程序的编译方法
http://sobereva.com/521

多谢社长，我跑的体系是一个溶质分子acetophenone加上50个methanol溶剂分子，初始结构由packmol产生，结构见附件，矩形盒子边长为15.18埃。md.inp参数如下：

$md
temp= 298.15
time= 1000.0
dump= 50.0
step= 4.0
hmass=4
shake=2
velo=false
nvt=true
sccacc=2.0
$end

复制代码

提交作业命令为
xtb ACE-COOH-50MeOH.xyz --input md.inp --omd --gfn 0 --chrg 0 --uhf 0 > ACE-COOH-50MeOH.out
我也附上了out文件

社长能否帮忙查看下

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-17 11:10:15

Frank 发表于 2020-6-16 18:08
多谢社长，我跑的体系是一个溶质分子acetophenone加上50个methanol溶剂分子，初始结构由packmol产生，结 ...

光从这些信息没法判断。直接看MD轨迹，从结构变化上试图弄清楚怎么回事。MD轨迹就算有问题，也不会一开始就有问题。另外可尝试xtb 6.3

对于溶质浸在溶剂分子的情况，用genmer产生初始结构方便得多
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

Mikasa · 发表于 Post on 2020-6-17 12:16:02

是在要修改code的话很简单，直接修改xtb/src/io/writer/xyz.F90文件就行，把f20.14换成你想要的。
修改完了再重新编译~

Frank · 发表于 Post on 2020-6-18 12:03:58

本帖最后由 Frank 于 2020-6-18 12:49 编辑

sobereva 发表于 2020-6-17 11:10
光从这些信息没法判断。直接看MD轨迹，从结构变化上试图弄清楚怎么回事。MD轨迹就算有问题，也不会一开始 ...

多谢社长，看了轨迹是因为有少数几个溶剂分子跑散了，大部分的溶剂还是包裹在溶质附近，但是整个体系平移了很多，所以坐标变得很大，加上周期性可能更好点？
另外用6.3版本也是同样的问题。

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-21 03:12:33

Frank 发表于 2020-6-18 12:03
多谢社长，看了轨迹是因为有少数几个溶剂分子跑散了，大部分的溶剂还是包裹在溶质附近，但是整个体系平移 ...

没细节没法说，避免跑飞、越来越远而导致坐标超过位数的话可以用球型势束缚住

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