伞状抽样如何做出看窗口重叠情况的图？

wasngsimin · 发表于 Post on 2019-2-27 20:40:25

各位老师和同学，我在lammps中用fix colvars伞状抽样，然后用WHAM得到PMF，那如何做出窗口overlap的图以判断窗口重叠情况呢？

xiaowu759 · 发表于 Post on 2019-2-27 22:08:24

wham的hist选项也可以输出下面那个图

k64_cc · 发表于 Post on 2019-2-28 15:00:13

Count your CV and draw histogram...

wasngsimin · 发表于 Post on 2019-3-1 14:01:59

xiaowu759 发表于 2019-2-27 22:08
wham的hist选项也可以输出下面那个图

可以吗？我仔细看了WHAM手册，也加进去了，但是输出是这样的（如下图），好像一个窗口就得好多点吧？我的为什么只有这些呢？

xiaowu759 · 发表于 Post on 2019-3-1 16:46:11

wasngsimin 发表于 2019-3-1 14:01
可以吗？我仔细看了WHAM手册，也加进去了，但是输出是这样的（如下图），好像一个窗口就得好多点吧？我的 ...

看错了，以为你用的是gromacs里的g_wham呢

wasngsimin · 发表于 Post on 2019-3-1 19:07:56

xiaowu759 发表于 2019-3-1 16:46
看错了，以为你用的是gromacs里的g_wham呢

嗯嗯我用的是Lammps

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[Lammps] 伞状抽样如何做出看窗口重叠情况的图？