求助：gmx_mmpbsa计算出现APBS NOT available

angelhunte

在 Linux下，按照教程安装下载了APBS-3.0.0.linux.zip
解压后在 .bashrc 中设置环境变量：
export LD_LIBRARY_PATH=/home/hello/APBS-3.0.0.linux/apbs/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
export PATH=/home/hello/APBS-3.0.0.linux/bin:${PATH}
然后source一下
下载gmx_mmpbsa的bash文件（gmx_mmpbsa.bsh）
修改
apbs='/home/hello/APBS-3.0.0.linux/bin/apbs'                                # APBS(Linux)
PATH=$PATH:/home/hello/APBS-3.0.0.linux/bin
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/hello/APBS-3.0.0.linux/lib
运行后出现
APBS NOT available !

1. 
   
2. 
   
3. gmx='gmx'                                                                # /path/to/GMX/bin/gmx_mpi
   
4. dump="$gmx dump"                                                # gmx dump
   
5. trjconv="$gmx trjconv -dt 1000"                        # gmx trjconv, use -b -e -dt, NOT -skip
   
6. apbs='/home/hello/APBS-3.0.0.linux/bin/apbs'                                # APBS(Linux)
   
7. PATH=$PATH:/home/hello/APBS-3.0.0.linux/bin
   
8. LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/hello/APBS-3.0.0.linux/lib[/color][/b]
   
9. export MCSH_HOME=/dev/null                                # APBS io.mc
   
10. 
    

复制代码

angelhunte

求大神解惑，是不是环境变量设置的不对啊

Nancylee0416

一样的情况 同问大佬！

ZHIMING123

你好 李老师的bsh文件 能发下吗  我下载不了啊

tongyu

你可以看看，我之前出现了一样的问题，这是我改了之后的文件参数情况。现在已经解决了。

tongyu

你可以试试删除这些信息，以及后面的windows