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[Sobtop] 求助Sobtop指认原子类型时,报错Unrecognized atom name( ?.

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本帖最后由 joojoseph 于 2025-3-20 16:21 编辑

输入文件是GaussView生成的mol2文件,在使用sobtop产生拓扑文件时报错:Unrecognized atomic name (    ?.
文件已上传,望大佬们指点。

202503201607181567..png (167.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

202503201607181567..png

UMOP-1-OHoptd.mol2

17.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 8

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发表于 Post on 2025-3-20 18:01:47 | 只看该作者 Only view this author
当前情况非常特殊,是Zr成键过多所致。在gview里把Zr-Zr键都删掉,重新保存mol2,就可以了,改后的在这里:
xx.mol2 (17.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

那些Zr-Zr键没有必要留着
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-20 18:12:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-20 18:01
当前情况非常特殊,是Zr成键过多所致。在gview里把Zr-Zr键都删掉,重新保存mol2,就可以了,改后的在这里: ...

原来如此,太感谢了!

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