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[ORCA] 求助orca利用TDDFT计算光谱时出现35072错误

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本帖最后由 yaochuang 于 2016-5-30 10:15 编辑

各位老师,请教大家一个问题:

    最近在利用ORCA计算一个分子(126个原子)的吸收光谱时,总是出现以下错误:(对结果的分析,发现可能是由于硬盘空间不够,所产生的文件已经超过100GB了,这一点很疑惑,ORCA计算光谱需要这么大的空间吗,这是否正常呢?有没有什么办法可以减少一些硬盘的消耗呢?感觉以前用Gaussian算没有这么多硬盘的消耗啊,不知道是不是哪儿出错了,还请各位老师指点一二,谢谢!)


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发表于 Post on 2016-5-29 18:36:35 | 只看该作者 Only view this author
基组给得太大,高斯计算的时候肯定不会给上百个原子用这么大基组的
大分子光谱计算目的def2-SVP足矣,提升到3-zeta只有很少的定量改进而已,
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2018-11-6 11:03:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-29 18:36
基组给得太大,高斯计算的时候肯定不会给上百个原子用这么大基组的
大分子光谱计算目的def2-SVP足矣,提升 ...

请问sob老师,如果不用sTDA计算UV-Uis,直接用TDDFT,对于我的体系Au279S84H84,用什么级别合适呢?

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发表于 Post on 2018-11-7 00:24:41 | 只看该作者 Only view this author
熊琳 发表于 2018-11-6 11:03
请问sob老师,如果不用sTDA计算UV-Uis,直接用TDDFT,对于我的体系Au279S84H84,用什么级别合适呢?

什么程序都算不动
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发表于 Post on 2019-3-19 11:06:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 huangyoyo 于 2019-3-19 17:17 编辑
sobereva 发表于 2016-5-29 18:36
基组给得太大,高斯计算的时候肯定不会给上百个原子用这么大基组的
大分子光谱计算目的def2-SVP足矣,提升 ...

您好,我在用ORCA计算TDDFT的时候出现如下错误:ORCA finished by error termination in CIS Calling Command: /BIGDATA1/caep_swcc_gfji_1/orca_4_1_1_linux_x86-64_openmpi313/orca_cis Ne_tddft.cisinp.tmp
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run
输入文件为:
!b3lyp/g D3 gcp(DFT/TZ) ma-def2-TZVP RIJK def2/JK Grid5 FinalGrid6 miniprint
%maxcore 1000
%tddft
nroots 250
maxdim 2500
tda false
end
%output
print[p_MOS] 1
end
*xyz 0 1
把gcp(DFT/TZ) RIJK def2/JK删了就能开始算了。然后就一直卡在                       ****Iteration    0****

   Memory handling for direct AO based RPA:
   Memory per vector needed      ...     8 MB
   Memory needed                 ... 63115 MB
   Memory available              ...  1000 MB
   Number of vectors per batch   ...   118
   Number of batches             ...    64
   Time for densities:     4.491
   Time for XC-Integration:    17.601
   Using LibInt in JK Direct
两个多小时了(我用24个核)。
然后换了RICOSX就能算了。

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发表于 Post on 2019-3-19 17:15:41 | 只看该作者 Only view this author
huangyoyo 发表于 2019-3-19 11:06
您好,我在用ORCA计算TDDFT的时候出现如下错误:ORCA finished by error termination in CIS Calling Com ...

凡是碰到类似于卡住的问题,先把基组改小、计算级别降低,弄清楚是算不动还是其它问题
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发表于 Post on 2019-3-19 17:18:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-19 17:15
凡是碰到类似于卡住的问题,先把基组改小、计算级别降低,弄清楚是算不动还是其它问题

换成RICOSX就能算了

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发表于 Post on 2019-3-19 18:29:22 | 只看该作者 Only view this author
一般情况都不建议用RIJK,限制多,体系稍微大点效率就显著低于RIJCOSX
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发表于 Post on 2019-3-20 09:09:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-19 18:29
一般情况都不建议用RIJK,限制多,体系稍微大点效率就显著低于RIJCOSX

恩,谢谢!
另外我想用NPT系综做分子动力学再将结果在ORCA中计算吸收谱。
首先我的结果算频率分析得到的基态hess文件是有虚频的(因为T和p都较高),其次,ORCA中计算吸收谱需要激发态的hess文件,而您之前提过我的结果是不能进行激发态几何优化的(因为激发态几何优化是在真空下进行的,温度和压力的影响不能反映出来),综合这两个因素,我想问NPT之后的结果能在ORCA中计算吸收谱么?若不能,可否推荐一个可行的方法?

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发表于 Post on 2019-3-20 11:28:35 | 只看该作者 Only view this author
huangyoyo 发表于 2019-3-20 09:09
恩,谢谢!
另外我想用NPT系综做分子动力学再将结果在ORCA中计算吸收谱。
首先我的结果算频率分析得到 ...

“ORCA中计算吸收谱需要激发态的hess文件”这是错误认识。只有计算振动分辨的电子光谱才需要激发态的hess
只对某个结构计算吸收谱而且不考虑振动耦合的话,直接做TDDFT,然后用Multiwfn绘图就完了,见

使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱
http://sobereva.com/462http://bbs.keinsci.com/thread-12114-1-1.html
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224

可以对动力学过程的所有帧(或有间隔地提取)计算光谱,然后求平均。这在Multiwfn里相当于绘制构象权重平均光谱,只不过权重都相同。


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发表于 Post on 2019-3-20 14:31:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-20 11:28
“ORCA中计算吸收谱需要激发态的hess文件”这是错误认识。只有计算振动分辨的电子光谱才需要激发态的hess ...

我是看他手册里那个ESD模块的输入文件中要求的。

QQ截图20190320143037.png (78.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 45)

QQ截图20190320143037.png

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发表于 Post on 2019-3-20 14:46:07 | 只看该作者 Only view this author
huangyoyo 发表于 2019-3-20 14:31
我是看他手册里那个ESD模块的输入文件中要求的。

你没有正确理解这个例子的意图
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发表于 Post on 2019-3-20 15:12:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 huangyoyo 于 2019-3-20 15:14 编辑
sobereva 发表于 2019-3-20 14:46
你没有正确理解这个例子的意图

这是那一节的所有信息,hess 文件用于计算吸收速率?如果问我仅仅需要吸收谱,只需要用tddft就可以了。

QQ截图20190320151051.png (179.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 55)

QQ截图20190320151051.png

QQ截图20190320151156.png (221.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

QQ截图20190320151156.png

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发表于 Post on 2019-3-20 16:51:18 | 只看该作者 Only view this author
huangyoyo 发表于 2019-3-20 15:12
这是那一节的所有信息,hess 文件用于计算吸收速率?如果问我仅仅需要吸收谱,只需要用tddft就可以了。

前面说了,不考虑振动耦合就根本不需要hess
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发表于 Post on 2019-3-21 09:37:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 huangyoyo 于 2019-3-21 10:01 编辑
sobereva 发表于 2019-3-20 16:51
前面说了,不考虑振动耦合就根本不需要hess

再比如这个输入文件,仅仅考虑S0和S1的振动耦合?为什么要优化所有的激发态?

QQ截图20190321092511.png (84.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 49)

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