VMD中jump bond问题

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-9-18 21:10:02

vmd中使用了pbc unwrap 与pbc join之后会出现及个别的这种jump bond，很是苦恼。
我的计算是使用lammps做的，请问pbc join的原理是什么，如何根据lammps生成的lammpstrj文件来确定连接方式的，谢谢大家@
还有一个问题是计算过后，在vmd中的原子的颜色的显示会有一些问题，同一种原子，不同的力场type会得到不同的颜色。而不同的原子种类却可能出现同一种颜色，所以得到的结果很是难看。在coloring method中的type/name/选项都一样。按道理element会有想要的元素区分的结果，可是却变成了统一的颜色了，请问vmd中这几个选项是根据什么上的色，能不能修改其对应的颜色，谢谢大家！

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-19 20:57:40

索性用dynamic bond方式显示就完了

你在graphical representation的selections标签页里，在keyword栏中点击element，看看是否对当前体系把元素都正确识别了。正确识别了的话肯定用element着色能区分开。

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-9-20 10:05:05

sobereva 发表于 2016-9-19 20:57
索性用dynamic bond方式显示就完了

你在graphical representation的selections标签页里，在keyword栏中 ...

谢谢sob老师，这个颜色的问题现在已经解决，原因是lammps默认输出的是atom type id而不是atom 的element，可以在dump_modify element中修改即可。
但是这个jump bond还是没法解决，我没有找到pbc join的原理是什么，他是根据什么把相连接的原子都给弄到一块去的。为什么每次都会留下极个别的没有处理。谢谢老师

yyy1996 · 发表于 Post on 2019-4-1 20:46:07

sobereva 发表于 2016-9-19 20:57
索性用dynamic bond方式显示就完了

你在graphical representation的selections标签页里，在keyword栏中 ...

sob老师你好，要是识别不出来怎么办呢。体系应该室友铁和钴的，刚试了一下用element里面没有这两个元素

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-2 08:24:50

yyy1996 发表于 2019-4-1 20:46
sob老师你好，要是识别不出来怎么办呢。体系应该室友铁和钴的，刚试了一下用element里面没有这两个元素

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