求助：生成拓扑缺少si相关的二面角参数问题

MGRACE · 发表于 Post on 2024-4-12 13:02:28

各位老师好，目的是模拟聚合物和蛋白的吸附。聚合物是聚二甲基硅氧烷，由于amber力场没有si与h，o，c等原子形成的二面角参数，网上看到相关二面角参数（AMBER Archive (2008) - Re: AMBER: parameters for silicon atom (vanderbilt.edu)），看了下是将amber力场中的c3替换成了Si，不知道这样做是否合理？能否用在我的体系呢?
另外也看到一篇文献（DOI: 10.1039/d1cp01169c）中列出了和硅相关的二面角数据，但是文献中说明o是羟基氧，这样还是缺少如si-o-si-o类的二面角参数，如果把与硅相连的氧原子都替换成羟基上的氧是不是不合理？

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2024-4-12 13:15:31

不行。非要用的话容易被质疑。

MGRACE · 发表于 Post on 2024-4-12 14:06:12

社会主义小战士发表于 2024-4-12 13:15
不行。非要用的话容易被质疑。

好的，谢谢

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-4-14 00:03:56

这篇文献有参数，你补充一下就行。

Atomistic Simulation of Poly(dimethylsiloxane): Force Field Development, Structure, and Thermodynamic Properties of Polymer Melt and Solubility of n-Alkanes, n-Perfluoroalkanes, and Noble and Light Gases

ManWhatCanISay · 发表于 Post on 2024-6-19 21:04:21

您好，请问除了二面角之外的键长、键角等的参数您是怎么获得的，我看到有几篇文章用gaff做pdms，但是不知道他们的参数是多少

MGRACE · 发表于 Post on 2024-6-21 11:11:09

ManWhatCanISay 发表于 2024-6-19 21:04
您好，请问除了二面角之外的键长、键角等的参数您是怎么获得的，我看到有几篇文章用gaff做pdms，但是不知道 ...

看卢天老师关于sobtop的博文，另外ATB也可以生成，不过是gromos力场的

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