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[GROMACS] gmx_MMPBSA的index.ndx文件问题求助

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各位老师好!我在使用gmx_MMPBSA时遇到了一些问题。我的版本是gmx_MMPBSA v1.5.0.3
我在输入文件index.ndx中的分组是准备了ligand和receptor组的 但是生成文件_GMXMMPBSA_COM_index.ndx里的组跟我的设置完全不一样

我想要receptor的组是1和13,请问这种情况下应该怎么设置呢?
另外,我在官方教程上看到需要的准备文件包括很多结构文件 这里的mol2文件是必须文件,且必须要用[color=rgba(0, 0, 0, 0.87)] [color=rgba(0, 0, 0, 0.87)]Antechamber[color=rgba(0, 0, 0, 0.87)] 输出,但是有gro或者pdb文件也必须要准备吗?

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2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-17 03:35:35 | 只看该作者 Only view this author
自己回复自己,只要删除index中重复的组就可以了。

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