pdb不包含双键信息吗

shun · 发表于 Post on 2020-7-29 22:18:43

乙烯分子包含双键，用MS构建乙烯后，导出pdb文件，再用MS打开这个pdb文件，怎么双键变成了单键呢？？而且试了别的包含双键的分子，也是这种情况，请问有谁知道怎么回事吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-29 23:28:45

pdb只能记录连接关系，没有键级信息
自行看pdb格式标准定义便知

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2020-7-30 01:07:55

单双键的判断是基于两个原子之间的距离和他们的范德华半径之间的大小比较
可视化出现错误可能是你的距离超过了一般的判定阈值
找到设置里判定单双键的阈值，然后适当放大一点就好了

shun · 发表于 Post on 2020-7-30 09:14:12

sobereva 发表于 2020-7-29 23:28
pdb只能记录连接关系，没有键级信息
自行看pdb格式标准定义便知

请问社长，这么说是不是就不可以用packmol建立包含双键的分子体系了？

naoki · 发表于 Post on 2020-7-30 10:46:50

shun 发表于 2020-7-30 09:14
请问社长，这么说是不是就不可以用packmol建立包含双键的分子体系了？

是否双键由你包含力场参数的文件确定，pdb这种简单拓扑关系的文件是不行滴。

shun · 发表于 Post on 2020-7-30 10:55:04

naoki 发表于 2020-7-30 10:46
是否双键由你包含力场参数的文件确定，pdb这种简单拓扑关系的文件是不行滴。

请问大侠，我这种有双键的体系改如何建模呢？

naoki · 发表于 Post on 2020-7-30 15:52:33

shun 发表于 2020-7-30 10:55
请问大侠，我这种有双键的体系改如何建模呢？

你要用啥程序跑动力学啊，如果是ms的话你导入PDB后build bond一下，双键就都出来了。

shun · 发表于 Post on 2020-7-31 09:07:03

naoki 发表于 2020-7-30 15:52
你要用啥程序跑动力学啊，如果是ms的话你导入PDB后build bond一下，双键就都出来了。

lammps

naoki · 发表于 Post on 2020-7-31 09:21:55

一种方法是，你导入到MS里build bond然后forcite里分配力场参数，输出成car格式，再用诸如msi2lmp这种工具转换成lammps的data文件，你论坛上搜搜吧挺多讨论的

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