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[Multiwfn使用咨询] 求助一个ELF图 不晓得是怎么画的

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有关ELF的3D图,之前有在论坛里提过,研究一段时间,还是不会做。于是问了原作者,他回答的是用.cub文件在VMD中做出来的,但是我仔细观察这个图又感觉像是multiwfn做的。所以想问一下,如果能用multiwfn做的话,该如何做?如果不能,VMD该如何做?希望老师们能给出解答,谢谢。

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红色标记的图

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发表于 Post on 2015-6-23 03:01:07 | 只看该作者 Only view this author
左边是VMD做的,右边99%的可能性是用Multiwfn直接做的。
Multiwfn作ELF图可参考《电子定域性的图形分析》http://sobereva.com/63 末尾部分

VMD里显示等值面后,可以再设一个显示方式,用来显示格点数据的截面。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-23 07:51:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-6-23 03:01
左边是VMD做的,右边99%的可能性是用Multiwfn直接做的。
Multiwfn作ELF图可参考《电子定域性的图形分析》h ...

谢谢老师 左边的图是一直苦恼的 一直不回  右边的比较简单 例子都有 我也是知道的 能不能相似一点叙述vmd的画法 非常感谢

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发表于 Post on 2015-6-23 09:05:49 | 只看该作者 Only view this author
照着这个来设定即可


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-23 16:31:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-6-23 09:05
照着这个来设定即可

谢谢 老师  具体知道怎么做了  但是由于对VMD不是很熟悉 选择licorice后 原子之间没有键,不清楚是为什么。

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发表于 Post on 2015-6-23 16:36:32 | 只看该作者 Only view this author
鳌拜 发表于 2015-6-23 16:31
谢谢 老师  具体知道怎么做了  但是由于对VMD不是很熟悉 选择licorice后 原子之间没有键,不清楚是 ...

应当有键。没有键要么操作弄错了,要么就是原子之间距离较远没被判断为成键
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-23 18:01:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-6-23 16:36
应当有键。没有键要么操作弄错了,要么就是原子之间距离较远没被判断为成键

我这个是优化过的文件 后来算了.wfn后在multiwfn中算出的cub。 难道是用直接GV里面算的?

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发表于 Post on 2015-6-24 04:19:38 | 只看该作者 Only view this author
和gv没有丝毫关系。直接用Multiwfn产生的ELF.cub放到VMD里作图就完事了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-25 10:28:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-6-24 04:19
和gv没有丝毫关系。直接用Multiwfn产生的ELF.cub放到VMD里作图就完事了

又试了几次 实在不知道 问题出在哪里了 回头我再请教一下别人吧  谢谢了

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