计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 7183|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Dalton] dalton2018计算中断问题求助

[复制链接 Copy URL]

24

帖子

0

威望

475

eV
积分
499

Level 3 能力者

本帖最后由 Aivor 于 2019-6-5 18:38 编辑

各位老师好,我在运行dalton2018时发生中断,中断位置如下:


   ****************************************************************************
   *************** Output of molecule and basis set information ***************
   ****************************************************************************


    The two title cards from your ".mol" input:
    ------------------------------------------------------------------------
1: test molecule                                                           
2: Generated by Multiwfn                                                   
    ------------------------------------------------------------------------

  Coordinates are entered in Angstrom and converted to atomic units.
          - Conversion factor : 1 bohr = 0.52917721 A

后面输出文件中就没有任何信息了,请问一下这是发生了什么问题?非常感谢。
以下是我的dal和mol文件。
**DALTON INPUT
.RUN RESPONS
**INTEGRALS
.MNF-SO
**WAVE FUNCTIONS
.DFT
B3LYP
*DFT INPUT
.DFTD3
*SCF INPUT
**RESPONS
*QUADRATIC
.MNFPHO
.PRINT
3
.ROOTS
3
**END OF INPUT


   Content of the .mol file
----------------------------

ATOMBASIS
test molecule
Generated by Multiwfn
Atomtypes=5 Angstrom Nosymmetry charge=0
Charge=1.0 Atoms=42 Basis=cc-pVDZ

4-3C2 .out

18.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

4-3C2.dal

170 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4

run.sh

164 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5

4-3C2.mol

4.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-6-4 23:17:06 | 只看该作者 Only view this author
最好上传完整的输入文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

24

帖子

0

威望

475

eV
积分
499

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-5 09:29:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-4 23:17
最好上传完整的输入文件

输入文件以及输出文件都已上传,请老师赐教。

17

帖子

0

威望

737

eV
积分
754

Level 4 (黑子)

4#
发表于 Post on 2019-6-5 10:09:46 | 只看该作者 Only view this author
mol文件里
Charge=1.0 Atoms=32 Basis=cc-pVDZ
H1   10.44767000   -1.64426800    0.00720900 应该改成Atoms=22
它指的是氢原子一共22个。
Charge=6.0 Atoms=44 Basis=cc-pVDZ
C1   10.93624500   -3.71979100   -0.30140800应该改成Atoms=33
它指的是碳原子一共33个。

24

帖子

0

威望

475

eV
积分
499

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-5 15:08:18 | 只看该作者 Only view this author
heheda 发表于 2019-6-5 10:09
mol文件里
Charge=1.0 Atoms=32 Basis=cc-pVDZ
H1   10.44767000   -1.64426800    0.00720900 应该改成A ...

感谢您的回复,但是我不太懂。事实上H原子就是32个,要改成22个的依据是什么呢?您也说这里的Atom是指原子个数,那又为啥要设置的与实际的原子个数不一致呢?

24

帖子

0

威望

475

eV
积分
499

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-5 15:27:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-4 23:17
最好上传完整的输入文件

老师:http://bbs.keinsci.com/thread-12120-1-1.html我就是按照您这个帖子上操作的,过程中没有报错提示,只是它会中断,我现在不知道问题出现在哪儿了。

17

帖子

0

威望

737

eV
积分
754

Level 4 (黑子)

7#
发表于 Post on 2019-6-5 15:45:30 | 只看该作者 Only view this author
Aivor 发表于 2019-6-5 15:08
感谢您的回复,但是我不太懂。事实上H原子就是32个,要改成22个的依据是什么呢?您也说这里的Atom是指原 ...

我直接看的out文件,out文件里列出了那么多。
刚又看了mol文件,C原子的数目也不对啊,列出了44个,前面的数目写的43.

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120141

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2019-6-5 18:47:16 | 只看该作者 Only view this author
原子数没问题。Multiwfn产生的mol文件在原子数上是不会错的。

我用2019 alpha版跑了一下,虽然有别的报错,但至少不是程序停在你说的地方,如下所示。怀疑是你的Dalton本身装的有问题。最好先拿最简单的任务,比如就跑个DFT单点进行测试

...略
  Coordinates are entered in Angstrom and converted to atomic units.
          - Conversion factor : 1 bohr = 0.52917721 A

  Atomic type no.    1
  --------------------
  Nuclear charge:   1.00000
  Number of symmetry independent centers:   32
  Number of basis sets to read;    2
  The basis set is "cc-pVDZ" from the basis set library.
  Basis set file used for this atomic type with Z =   1 :
     "/sob/dalton/basis/cc-pVDZ"

  Atomic type no.    2
  --------------------
  Nuclear charge:   6.00000
  Number of symmetry independent centers:   44
  Number of basis sets to read;    2
  The basis set is "cc-pVDZ" from the basis set library.
  Basis set file used for this atomic type with Z =   6 :
     "/sob/dalton/basis/cc-pVDZ"
...略
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

24

帖子

0

威望

475

eV
积分
499

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-16 16:09:09 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师的指导。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 22:00 , Processed in 0.474512 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list