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[综合交流] 求助阳离子聚合物传输OH-能量计算

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各位老师好,想请教一个问题,我现在准备算一下我的离子聚合物对OH传输的作用力,图中是我准备算的结构,一般这种离子聚合物会形成离子通道传输OH-(图中以一个重复单元为例),现在就是想计算一下OH-通过这个聚合物片段的能垒,(不知道这么说对不对),然后我还有个不同单体的,想做个对比,通过计算看哪个聚合物对传递OH-更有帮助,不知道是怎么去算,看了好几篇文献,也没个头绪

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发表于 Post on 2025-1-9 21:08:13 | 只看该作者 Only view this author
光拿这么一个单体分子没法考察这种问题,都没法表现出聚合物环境。这种问题需要拿实际的聚合物模型做量子化学计算(体系适当截断到可以算得动的尺度)或者做周期性的分子动力学模拟(考察传输路径的自由能曲线等)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-10 19:50:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-9 21:08
光拿这么一个单体分子没法考察这种问题,都没法表现出聚合物环境。这种问题需要拿实际的聚合物模型做量子化 ...

感谢sob老师的回复,后面肯定是想加几个重复单元的到电脑能拖得动,现在就是想问问具体是类似结合能那么算吗EAB-EA-EB,还是怎么去计算这个过程的能量,MD应该可以,但是想知道用量化计算具体怎么去建立这么个方案

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发表于 Post on 2025-1-11 00:41:02 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2025-1-10 19:50
感谢sob老师的回复,后面肯定是想加几个重复单元的到电脑能拖得动,现在就是想问问具体是类似结合能那么 ...

你应当关心的是OH-迁移到不同位置时的整个体系的相对能量,而不是聚合物与OH-的结合能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-12 17:01:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-11 00:41
你应当关心的是OH-迁移到不同位置时的整个体系的相对能量,而不是聚合物与OH-的结合能

sob老师您好,这种通过势能面扫描的方法是不是可以解决呢?我画了个简单的草图,但是这种应该变成三维的扫描了,其实就是想知道OH-在聚合物体系里的移动路径以及在移动路径下各点的体系能量 这种用gaussian可以做吗

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发表于 Post on 2025-1-13 00:52:58 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2025-1-12 17:01
sob老师您好,这种通过势能面扫描的方法是不是可以解决呢?我画了个简单的草图,但是这种应该变成三维的扫 ...

可以用CP2K或ORCA做NEB计算,得到特定两个位置间迁移的能量最低路径。前者最适合周期性体系(用于孤立体系也可以),后者只适合孤立体系。两个程序做NEB的方法和应用在以下两个培训里也都分别详细讲了,前者讲NEB的篇幅更多
北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/KFP
北京科音高级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KAQC

北京科音CP2K第一性原理计算培训班给的NEB例子之一,就是考察的迁移路径的能量变化:


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