Pymol显示氢键如何设置？

tangzi_via · 发表于 Post on 2022-4-1 21:23:04

请问一下，给位朋友，我看gromacs手册氢键截断距离设置的是0.35nm，截断角度设置的是30°，我在用gromacs计算氢键的时候，计算的数量为4个氢键。但是我用pymol显示的时候，他显示的为7个氢键？明显和gromacs计算的有所区别，我应该如何调整pymol里设置的氢键cutoff参数？我尝试了去看pymol里面的氢键的参数，他的参数不止2两个，我简单调整了几个cutoff参数显示得不对，不知道该如何具体的调节？还请各位大佬指点一二，不甚感激。

（在此我特意用vmd对比了氢键的数量，将截断距离和截断角度分别设置为0.35nm和30°，vmd显示的氢键数量也为4个。）

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-1 23:48:53

当前问的是pymol的设置，帖子标题“gromacs显示氢键如何设置？”明显有误导性。给你改了，以后注意

tangzi_via · 发表于 Post on 2022-4-2 13:08:50

sobereva 发表于 2022-4-1 23:48
当前问的是pymol的设置，帖子标题“gromacs显示氢键如何设置？”明显有误导性。给你改了，以后注意

好的，我以后注意，谢谢老师

常乐长乐 · 发表于 Post on 2022-5-21 20:37:53

你好，我能要一下你这个 Gromacs的中文手册吗？

tangzi_via · 发表于 Post on 2022-5-23 10:29:18

可以，你把邮箱发我吧

shenmh3 · 发表于 Post on 2024-4-19 10:43:22

你好，最后解决了吗？pymol的氢键角度指的是哪个夹角呀？

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[综合交流] Pymol显示氢键如何设置？

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